2009–10 sezonuna Jose Mourinho'nun yönetiminde Inter forması altında başlayan Wesley Sneijder, geri dönüşünün sinyallerini vermeye başladı. İtalya'da sert futbola adapte olan yıldız oyuncu, Yaşadığı iki sakatlık nedeniyle takımından yaklaşık 2 ay ayrı kaldı ve Hollandalı yıldız orta saha oyuncusu ligde 12 maçta forma giyememesine rağmen sezon sonunda İtalya'da şampiyonluk yaşamasında büyük pay sahibi oldu. Inter'de lig şampiyonluğunun yanı sıra UEFA Şampiyonlar Ligi Finali'nde eski takımı Real Madrid'in stadı olan Santiago Bernabéu'da oynanan maçta Inter'in Bayern Münih'i 2-0 yenmesiyle birlikte UEFA Şamiyonlar Ligi'nde şampiyonluk sevinci yaşayan Wesley Sneijder, takımının en önemli oyuncusu olmayı başardı. 2010 FIFA Dünya Kupası'nda finalde İspanya'ya kaybeden Hollanda'nın en önemli oyuncusu olan ve turnuvanın gol kralı olmayı başaran Wesley Sneijder sezon sonunda istatistik hanesine 54 maçta 14 gol – 17 asist yazdırmayı başarmıştı. Sneijder'in kişisel koleksiyonuna Şampiyonlar Ligikupası, Dünya Kupası ikincilik madalyası ve İtalya'da yaşanan yerel şampiyonluklar eklendi. Sneijder tüm bunların yanı sıra Dünya Kupası'nda en golcü oyuncu olurken, sezon sonunda gerçekleştirilen FIFA Ödülleri'nde otoriteler tarafından Avrupa'nın en iyi ortasaha oyuncusu olarak gösterildi. Jose Mourinho ile birlikte Avrupa'nın altını üstüne getiren Hollandalı oyuncu için Manchester United sezon sonunda 30 milyon euro önermiş fakat İtalyan ekibi bu teklifi kabul etmemişti.
2010-2011
2010–11 sezonunda da üzerine koymaya devam etti Hollandalı ofansif ortasaha oyuncusu. Ligde, kupada, Süper Kupa'da, Şampiyon Kulüpler Kupası'nda şampiyonluk madalyasını boynuna takarken Şampiyonlar Ligi'nde takımıyla yarı finalin kapısından döndü. Sneijder ve arkadaşlarını eleyen takım, Alman takımı Schalke 04 olmuştu. Sezon sonunda adının karşısına 49 maçta 11 gol – 15 asist yazdırmayı başaran Sneijder, sakatlığı sebebiyle ligde sadece 25 maçta forma giyebilmişti. İtalya'da futbolun oldukça sert oynanması ve Hollandalı oyuncunun takımının hücum opsiyonlarında ilk sırada olması sık sık rakip oyuncuların sert müdahalelerine maruz kalmasına neden oluyordu. Dünya Kulüpler Şampiyonası'nda yarı final maçının 4.dakikasında sakatlanan Sneijder, bu sakatlığı nedeniyle 2 aydan fazla bir süre forma giyememişti. Sneijder yaşadığı uzun süreli sakatlıklara rağmen alışagelmiş performansına ulaşmayı başarmıştı.
2011–12
2011–12 sezonunda yani geçen sezon Inter'in kötü gidişinde takımla birlikte kötü bir performans sergileyen Hollandalı yıldız oyuncu, sakatlıklarının yanı sıra yönetim ve teknik heyetle yaşadığı sorunlar nedeniyle ortalamasının altında kalırken, Wesley Sneijder sezon sonunda hiçbir kupada başarılı olamayan Inter'de kötü bir yıl geçirdi. Sezon sonunda Hollanda milli takımıyla birlikte Euro 2012'de forma şansı bulan fakat grupta 0 çeken Portakalların kötü gidişine engel olamayan yıldız oyuncu sezon sonunda istatistik hanesine 37 maçta 6 gol – 8 asist gibi oldukça düşük bir katkı yazdırmıştı.
2012-2013
2012–13 sezonunda geride kalan ilk yarının ardından Inter formasıyla sadece 8 maçta forma şansı bulan Wesley Sneijder bu karşılaşmalarda 2 gol – 3 asist ile takımına katkı sağladı. Mali problemler yaşayan ve oyuncularından sözleşmelerinde indirime gitmesini isteyen Inter'de yıllık net 6 milyon euro alan yıldız oyuncu, sözleşmesinde indirime gitmeye yanaşmayınca İtalyan ekibinde teknik direktör Andrea Stramaccioni'nin de onayıyla birlikte kadro dışı kaldı. İtalya Serie A'da beşinci hafta karşılaşması sonrasında yönetimin kararıyla kadro dışı kalan Wesley Sneijder, devre arasında takımdan ayrılmak istediğini açıkladı.
