En este quinto arco, han pasado varios años desde que los Héroes Alienígenas encontraron los Omnitrixes y se revela que en ese periodo se han separado de ellos para iniciar una vida normal. No obstante, cuando un nuevo enemigo aparece amenazando la...
Boone está durmiendo y parece que está teniendo una pesadilla, pero despierta y mira a su cortina, para encontrar una sombra extraña, cuando abre la cortina, no hay nada allí, pero cuando se despierta de nuevo, se encuentra a Victor Valadis de pie delante de él, cuando Victor ataca, Boone activa su Ultimatrix
Transformándose así en Humungousaur, pero es tan pequeño como Nanomech, Víctor agarra a Humungousaur (Boone) con sus tentáculos y todo se transforma en un torbellino, pero Boone se despierta y se da cuenta que era realmente un sueño, vuelve a dormir, pero es atacado por Valadis de nuevo, esta vez de verdad
Así que Boone activa su Ultimatrix, transformándose en Cannonbolt para la lucha, cuando Valadis lo domina con sus tentáculos, Cannonbolt (Boone) abofetea su Ultimatrix, transformándose en Goop para escapar del agarre de Valadis, pero Valadis se transforma en una tormenta de Nanochips
Y se escapa en la alcantarilla, pero Boone recoge uno de los nanochips antes de que pudiera escapar, Boone explica el sueño y el ataque de Valadis a Penn, Sashi, Gwen, Nova, Sam y Bunnicula, pero no le creen, hasta que les muestra el nanochip que obtuvo, y deciden ir al viejo laboratorio de Valadis a investigar
Y por investigar quiere decir que lo van a asaltar, así que portando sus armaduras Omni-kix, irrumpen en el laboratorio, pero solo se encuentran con un portero, quien estaba trabajando con Valadis en algunos experimentos antes de que realmente muriera, así que habiéndose enterado de esto
Deciden ir por Elena Valadis en busca de ayuda, así que van a la Academia de Plomeros, pero se revela que se fue después de la muerte de su padre, y tomó posesión de su investigación, al regresar a la Tierra, encuentran el laboratorio de Elena, quien está muy feliz de volverlos a ver, en especial a Boone
Dentro de su laboratorio, Elena les informa que aplica un campo de fuerza muy poderoso para evitar que sus muestras de nanochip se escapen, también les revela que el nanochip que Boone consiguió de Valadis, no es uno de los suyos, pero aún sospechando esto, le dan las gracias por su ayuda, y se van
Mientras que en Burger Shack, Penn, Sashi, Nova, Sam y Bunnicula discuten la relación familiar entre Boone y Elena, pero luego son atacados por Víctor Valadis, así que Penn y Sashi activan sus Ultimatrixes, transformándose en Ampfibian y Frankenstrike, Nova transforma su Varitrix en una Lanza NRG
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Sam activa su Antitrix, transformándose en Dark Matter, Bunnicula activa su Nemetrix, transformándose en Rover, juntos luchan contra Valadis, mientras tanto, Boone está en su casa, haciendo la tarea, cuando se encuentra con Gwen en su puerta, quien al parecer ha tomado la iniciativa de invitarlo a una cita
Así que arreglan una fecha para el día siguiente, también se animan a contarle esto a Penn, Sashi, Nova, Sam y Bunnicula, sin embargo, al llegar al lugar, ellos están luchando contra Valadis, así que deciden ayudarlos, Gwen arroja esferas de mana con sus manos, mientras que Boone activa su Ultimatrix
Transformándose así en Water Hazard, pero en ese momento Valadis se va rápidamente, es entonces que los Héroes Alienígenas se preocupan de la condición de Valadis de estar vivo o muerto, y visitan su tumba para ver si realmente está muerto, Gwen usa sus poderes, y confirma que Valadis esta muerto
Lo que significa que el Valadis que los atacó en Burger Shack fue en realidad hecho de nanochips, mientras que Elena, quien casualmente se encontraba en el cementerio cerca a ellos, afirma que decidió que su relación con sus amigos era más importante que la investigación de los nanochips
Mientras discuten en Mr. Smooth, Penn, Sashi, Nova, Sam y Bunnicula se dan cuentan de que son los objetivos para los nanochips mientras que Boone no, así que piensan que Elena está detrás de los ataques de Valadis, pero de todos modos, vuelven al viejo laboratorio de su padre y encuentran el portero de nuevo
Penn, Sashi, Nova, Sam y Bunnicula piensan que el portero era parte del complot, sin embargo, el portero da más pistas sólo a la participación aparente de Elena en el ataque de los nanochips, como también el hecho que ella habla en plural, al igual que su padre cuando fue poseído por la reina de los nanochips
Cuando Gwen se presenta en Burger Shack para su cita con Boone, ella es atacada por un enjambre de nanochips, tiempo después de esto, Boone llega a Burger Shack sólo para darse cuenta de que Gwen no está, también se percata de otro nanochip dejado atrás, así que vuelve al laboratorio de Elena
Y la acusa de estar involucrada en el secuestro de Gwen, pero Elena protesta que ella no tenía nada que ver con él y admitió que el nanochip que Boone le mostró eran en realidad uno de los suyos, pero Elena realmente secuestró a Gwen y la tenía encerrada en una bodega, atada con esposas y amordazada
Cuando Boone se calma y está a punto de besar a Elena, oye a Gwen golpear la puerta de la bodega para pedir ayuda, mientras que Elena intenta despistarlo y se revela a sí misma como la verdadera reina de la nanochips, quien le dice que la reina nanochip que Boone destruyó era un señuelo para despistarlo
Mientras que la verdadera reina nanochip estaba dentro de Elena todo este tiempo, justo en ese momento, Penn, Sashi, Nova, Sam y Bunnicula llegan, habiendo descubierto todo el plan de Elena deciden que es hora de detenerla, así que Penn y Sashi activan sus Ultimatrixes, transformándose en Blitzwolfer y Diamondhead
Nova transforma su Varitrix en un Arco XLR8, Sam activa su Antitrix, transformándose en Skunkmoth, Bunnicula activa su Nemetrix, transformándose en Snow Wolf, así que Elena produce tres copias de Víctor para luchar contra ellos, mientras que Boone activa su Ultimatrix, transformándose así en Armodrillo
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Y libera a Gwen de la bodega, y junto a ella, pelean contra Elena y los clones de Víctor, Elena cubre a Armodrillo (Boone) con nanochips, por lo que es muy difícil para él respirar, y Gwen intenta convencer a Elena de que ella realmente no quiere esto, habiendo conseguido esto, Elena entra en el campo de fuerza
Y destruye su cuerpo hecho enteramente de nanochips auto-creados, junto con los clones de Víctor y liberando a Boone de los nanochips, Boone siente remordimiento al sentir que él era el responsable por el sacrificio de Elena, y cuando se van, se revela que los nanochips todavía tienen algo de vida en ellos
