Winona Ryder

Alien - Die Wiedergeburt

Ellen Ripley - Sigourney Weaver

Call - Winona Ryder

Vriess - Dominique Pinon

Johner - Ron Perlman

Frank Elgyn - Michael Wincott

Dr. Jonathan Gediman - Brad Dourif

Christie - Gary Dourdan

General Martin Perez - Dan Hedaya

Larry Purvis - Leland Orser

Vincent Distephano - Raymond Cruz

Dr. Mason Wren - J. E. Freeman

Zweihundert Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militär-Wissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wieder zum Leben erweckt: In einer Testreihe werden die Gene ihrer Überreste so oft geklont, bis es gelingt, sie und die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig zu halten. Wider Erwarten überlebt sie den Eingriff, bei dem die Königin operativ aus dem Körper entfernt wird. Ihre veränderten Gene geben ihr überlegene Fähigkeiten. Die Wissenschaftler wollen die Aliens (die auch als „Xenomorph" bezeichnet werden) für den militärischen Einsatz weiterzüchten. Zu diesem Zweck benötigen sie Wirtskörper, die ihnen von Weltraumpiraten in Form entführter Kolonisten geliefert werden. Bald schon schlüpfen die ersten Aliens, die in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen untergebracht werden.

Es gelingt den Kreaturen jedoch zu entkommen, indem sie eine der ihren töten. Deren stark ätzendes Blut zerstört den Käfig und ebnet so den verbliebenen Aliens den Weg in die Freiheit. Die nun Entkommenen dezimieren Wissenschaftler und Marines. Als sich die Situation zuspitzt, verbündet sich die geklonte Ripley mit den noch an Bord befindlichen Weltraumpiraten, darunter auch der misstrauischen Call, die den Auftrag hatte, Ripley zu töten, bevor ihr die Königin entfernt wird. Gemeinsam suchen sie einen Weg, die dem Untergang geweihte Auriga zu verlassen. Das Schiff hat durch die Notfallsituation automatisch Kurs auf die Erde genommen und droht die Aliens so zum Heimatplaneten der Menschheit zu bringen. Call schlägt deshalb vor, die Auriga zu sprengen und mit dem in einem Hangar gelandeten Raumschiff der Piraten zu fliehen. Auf dem Weg dorthin wird die Gruppe nach und nach durch Angriffe der Aliens dezimiert.

Als die Flüchtlinge in eine Falle der Aliens geraten und sich in einen Schacht flüchten, wird Call von Dr. Wren, dem letzten Wissenschaftler des Schiffs, erschossen. Als Call kurze Zeit später von außen die Tür zum Schacht öffnet, um der Gruppe die Flucht zu ermöglichen, stellt sich heraus, dass sie in Wirklichkeit ein Auton ist, ein von Robotern entwickelter Android. Ripley bittet Call, sich in den Zentralcomputer des Schiffs einzuloggen, um das Schiff vor dem Erreichen der Erde zu sprengen. Call findet dabei heraus, dass die noch verbliebene Energie des Schiffs für eine Sprengung nicht mehr ausreicht. Ripley lässt Call daher das Schiff auf einen Kollisionskurs mit der Erde übergehen, damit es beim Zusammenstoß mit der Atmosphäre verglüht. Call aktiviert anschließend per Netzwerk das Schiff der Weltraumpiraten und öffnet alle Türen dorthin, um der Gruppe die Flucht von der Auriga zu ermöglichen.

Ripley landet schließlich im Brutraum der Königin und muss erfahren, dass diese durch das Klonen ebenfalls mutiert ist und nun über eine Gebärmutter verfügt. Die Königin gebiert eine neuartige Mensch-Alien-Kreatur. Allerdings hält das geborene Mischwesen Ripley für seine Mutter und tötet die Königin. Derweil ist sich Ripley nicht mehr sicher, zu welcher Spezies sie gehört, da sie einerseits über die Kraft und Sinne eines Aliens verfügt, andererseits aber in einem menschlichen Körper steckt. Sie bringt Sympathie für ihre Alien-„Verwandtschaft" auf. Letztlich entscheidet sich Ripley jedoch, zu fliehen und das Mischwesen zusammen mit der Auriga abstürzen zu lassen, um es so zu töten.

Kurz bevor das Schiff der Piraten die Auriga verlässt, sieht Call auf einem Monitor, dass Ripley auf dem Weg zum Hangar ist. Call öffnet ihr die Ladeluke, und Ripley kann im letzten Augenblick in das Piratenschiff springen. Ripley betätigt zwar den Knopf zum Schließen der Ladeluke, diese schließt sich aber nicht vollständig. Weil Ripley die einzig Verbliebene ist, die das Schiff steuern kann, versucht Call, die Ladeluke zu schließen. Dabei entdeckt sie im Schiff das Mischwesen, das ebenfalls durch die Ladeluke an Bord gekommen ist. Das Mischwesen versteht die Situation und schließt die Ladeluke. Call kann sich in Sicherheit bringen, muss dann jedoch mit ansehen, wie einer der überlebenden Marines, der nach ihr sehen wollte, von dem Mischwesen getötet wird. Als Call in die Gewalt des Mischwesens gerät, wird sie von Ripley gerettet. Ripley schleudert Blut gegen ein Außenfenster des Schiffs, das ein kleines Loch in das Glas ätzt. Während Ripley und Call sich festhalten können, wird das Mischwesen vom entstehenden Sog durch das kleine Loch ins Weltall gedrückt, wodurch sein Körper vollständig zerstört wird.

Kurz nachdem die Auriga mit der Erdatmosphäre kollidiert und in einer atomaren Explosion verglüht ist, können die Überlebenden Ripley, Call, Vriess und Johner mit dem Schiff der Weltraumpiraten die Erde sicher erreichen.