La Hope's Peak Academy è una grandiosa accademia privata che deve il suo prestigio al fatto che al suo interno sono accettati solo i migliori studenti al mondo. Questi, ad ognuno dei quali è affidato un titolo Super Ultra in base al talento di cui sono dotati (che non si limita solo a capacità accademiche, ma anche atletiche, sportive, morali o di altro genere), una volta diplomatisi nella Hope's Peak, sono destinati ad eccellere e primeggiare nel proprio settore, e diventare la Speranza per il futuro per la società. Alcuni studenti, tra i quali i protagonisti dei due giochi, Makoto Naegi e Hajime Hinata, tuttavia non appena entrati nella scuola perdono conoscenza e successivamente scoprono che questa è diventata una sorta di bunker in cui essi non possono in alcun modo uscire a causa delle porte e le finestre sbarrate, oppure si ritrovano sull'Isola Jabberwock da cui non possono scappare. Colui che li ha intrappolati è un misterioso individuo che cela la propria identità dietro Monokuma, un robot animatronico a forma di orso. Quest'ultimo costringe gli studenti a partecipare a un gioco di morte da cui poter scappare solamente uccidendosi a vicenda e sopravvivendo ai vari Processi di Classe per scoprire i colpevoli dei vari omicidi che si susseguiranno nel corso del tempo. Sarà compito dunque di Makoto, Hajime e gli altri studenti cercare di sopravvivere ai vari processi e, col tempo, rivelare gli oscuri e tremendi misteri su ciò che è accaduto alla Hope's Peak Academy e sull'identità di Monokuma, e sconfiggerlo, per poter finalmente tornare liberi
