La storia inizia nel Heisei 10 (1998 dC) Siamo in un universo alternativo simile al nostro se non per il fatto che qui la guerra fredda non è mai finita e l'URSS esiste ancora. Per salvaguardare gli equilibri mondiali è stata creata un'organizzazione non governativa, la Mithril, formata da mercenari che non parteggiano né per l'est, né per l'ovest e si possono definire paladini della libertà e della giustiza
Tra i membri più valenti dell'organizzazione c'è Sousuke Sagara, un ragazzo di sedici anni che sin da piccolo ha conosciuto solo campi di battaglia, specialmente in Medio Oriente, e che quindi sa ragionare solo in termini militareschi. Il ragazzo viene incaricato di proteggere Kaname Chidori, una normalissima (e bellissima) studentessa liceale giapponese, che in realtà nasconde inconsapevolmente un grande segreto.