La serie di Chrono Crusade è ambientata nei cosiddetti "anni ruggenti": sono gli anni del jazz, dell'alcol che scorre liberamente, della mafia che controlla le strade. È rappresentato come un tempo di prosperità, di lussuria e decadenza, e la divisione tra ricchi e poveri cresce ancora di più che alla vigilia della Prima guerra mondiale. Ma è in questi tempi di grandi cambiamenti e sconvolgimenti che l'oscurità dell'animo umano può venire alla superficie. Nel mondo di Chrono Crusade, un'organizzazione fittizia conosciuta con il nome di Ordine di Maddalena (o più specificatamente, i personaggi di Rosette Christopher e Chrono) ha il compito di combattere le minacce dei demoni che appaiono sempre più spesso in America. Durante il corso della storia veniamo a conoscenza dell'oscuro passato di Rosette e Chrono, che sono alla ricerca del fratello scomparso di Rosette, Joshua. Quest'ultimo è stato portato via dal peccatore Aion, un demone che condivide con Chrono una oscura e sanguinosa storia, e che vuole rovesciare il Paradiso e la Terra.
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