Tout se passe après les événements de Hyrule Warriors, une années et quelques mois sont passées dans la plaine d'Hyrule. La princesse Zelda dirige les soldats au sein de son château, accompagnée d'Impa la capitaine de la garde et du nouveau capitain...
La princesse Zelda et Impa, le Capitaine de la garde d'Hyrule, observent les soldats en plein entraînement et parmi un bon nombre d'entre eux se trouve une recrue jeune et talentueuse, Link, Pendant ce temps, une sombre armée s'avança vers Hyrule. Zelda réagit à temps et part affronter l'assaut de plein fouet en libérant toute la puissance de son armée, mais elle se trouva très vite submergée par cette nuée surnaturelle.
La guerre sévissant hors de l'enceinte du château d'Hyrule forçant link à prendre part au combat libérant ainsi la petite fée Proxie. Lors d'un terrible affrontement contre un puissant ennemi, la Triforce du Courage se réveilla et sauva sa vie et celle d'Impa, qui l'a reconnu comment étant le héros des temps ancien d'Hyrule. Après un long affrontement, Link et les forces d'Hyrule repoussant la menace avant de s'apercevoir que leurs ennemis se sont frayé un chemin jusqu'au château d'Hyrule et que la princesse Zelda a disparu.
Impa et Link se préparent à la bataille et se lancent dans une quête pour retrouver Zelda, ils rencontrent au passage de nouveaux alliés tels que le mystérieux Sheik et la jeune sorcière Lana. Leur périple les amène à voyager dans le temps, à travers quatre différentes époques d'hyrule, chacune traversant une crise, dans lesquelles ils vont devoir s'associer avec des combattants très doués.
Link et ses nouveaux alliés affrontent d'innombrables adversaires comme Cya la sorcière noir qui avait en sa possession la Triforce de la Force créant des clones de Link en noir qui combattait à ses côtés, avec ses acolytes Volga et Iscerro qu'elle est a envoûter au préalable. Link alla chercher l'épée de la légende, ce qui libère un peu de l'énergie de Ganondorf qui était éparpillés aux quatre coin dans le temps d'Hyrule. La sorcière noir réussi à faire revenir Ganondorf au péril de sa vie, le seigneur du Mal arrive a récupérer la Triforce du Courage de Link et la Triforce de la Sagesse à la Princesse Zelda qui était Sheik.
Grâce à leurs alliés réussirent à terrassé Ganondorf sous une nouvelle forme puissante et récupérant leurs Triforces respective. Ganondorf scellait de nouveau et leurs alliés devait repartir dans leur monde, Lana quand à elle partie à la recherche de Cya car ses deux sorcières ne formaient qu'une seule personne. La sorcière noire avait séparer sa partie de gentillesse, de joie tout se qui était bon en elle pour formait Lana.
Link, la princesse Zelda et Impa retournent au château d'Hyrule avec leurs armées victorieuse, ils retrouvent leurs occupation respectives. Plusieurs mois voire une années passent et le calme régnait sur Hyrule mais pour combien de temps...
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