L'histoire conte les péripéties de Nathan Drake : un chasseur de trésors expérimenté et attiré plus que tout par l'aventure. La sienne commence au large des côtes panaméennes lorsqu'il repêche le cercueil de son supposé ancêtre. Il découvre en ouvra...
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« T'as l'air plutôt en forme pour un mort » Drake
Drake et Elena continuent leur avancée traversant les ruines et les vestiges de cet ancien fort où grouille tout un tas d'ennemis. Ils doivent faire attention pour éviter les rayons laser des snipers qui dominent la zone de leurs perchoirs. Une fois rentrés dans le monastère, nos deux compagnons découvrent Sully en train de baratiner une nouvelle histoire aux gardes. Après avoir neutralisé ces derniers, Nathan et Elena rejoignent Sully.
Celui-ci explique qu'il était obligé de gagner du temps avec Roman. C'est cela qui l'a incité à lui dire qu'il gagnerait assez d'argent avec cette histoire de trésor pour le rembourser. Seulement Roman s'est lui aussi intéressé à ce trésor et s'est lancé à sa recherche. Victor explique aussi qu'il est vivant, car c'est le journal de Francis, placé dans la poche avant-gauche de sa chemise, qui a amorti le choc de la balle.
Une fois réveillé, il a convaincu Roman que, sans son aide, il ne trouverait pas le trésor. Ainsi depuis le début Victor mène Gabriel Roman et Atoq Navarro sur une fausse piste. Pendant ce temps Victor a pu examiner le journal de bord de Francis Drake. Il explique à Elena et à Nathan que Francis Drake avait tout prévu, toutes les indications se trouvent dans le carnet et que le trésor demeure sous le monastère.
Après avoir résolu quelques énigmes le trio à nouveau reformé découvre une pièce secrète et un chemin menant aux sous-sols du monastère, sous terre. Nathan décide de s'y rendre seul laissant derrière Elena et Sully à l'abri dans la pièce secrète.
