Вернувшись в Коноху, Какаши узнаёт о том, что Джирайя погиб во время расследования личности лидера Акацки, Пейна. Он присутствует, когда этой новостью делятся с Наруто, который оказывается слишком расстроен, чтобы быть полезным, и нуждается в уединении. До своего поражения, Джирайя отправил в Коноху некоторое количество вещей, которые помогут им в борьбе с Пейном, включая зашифрованное сообщение. Шикамару удаётся утешить Наруто и убедить его помочь расшифровать послание, который понимает, что ключом к его расшифровке должна быть книга Ича Ича Такутикусу. Какаши, имеющего единственный экземпляр, просят прочитать вслух конкретные отрывки, что ставит его в крайне неудобное положение. Тем не менее, сообщение расшифровывается.
Какаши сталкивается с Пейном
Вскоре после этого, Пейн нападает на Коноху; в то время как некоторые из Пейн Рикудо привлекают к себе внимание, другие избегают столкновений и пытаются узнать местонахождение Наруто, который отправился на Мьёбокузан для обучения. Какаши догадывается об этой тактике и ищет кого-либо из последней группы. При этом он находит Тендо, и, столкнувшись с ним, спасает Умино Ируку. Какаши пытается загнать его в угол, чтобы уничтожить своей Райкири, но тот отбрасывает его с помощью Шинра Тенсей. Пейн, признавая, что Какаши опасный противник, отправляет Шурадо, чтобы помочь Тендо. Какаши сражается против обоих из-за общего поля зрения их Риннегана, однако их техники привлекают внимание подкрепления: как только они достигают поля битвы, Акимичи Чоза и Чоджи обезвреживают Шурадо.
Какаши, побеждённый Пейном
После тщательного наблюдения за способностями Тендо, Какаши замечает короткий временной промежуток между его техниками. Чтобы воспользоваться этим, Какаши прокладывает цепи под ним, в то время как Чоза и Чоджи атакуют его с противоположных сторон. Когда их отбрасывает Шинра Тенсей, они захватывают цепи и сдерживают его, давая Какаши возможность атаковать своей Райкири. Прежде чем ему удаётся нанести удар, Шурадо использует себя в качестве щита, давая Тендо время для контратаки. Он побеждает всё подкрепление Какаши и погребает Джонина в обломках. Предвидя, что Какаши вмешается, если сумеет выжить, Тендо запускает гвоздь в его голову, чтобы убить Джонина, и уходит. Тем не менее, Какаши лишь притворяется погибшим, переместив гвоздь в последний момент с помощью Камуи. Когда Чоджи приходит в сознание, Какаши отправляет его к Тсунаде, чтобы рассказать ей всё, что они узнали о способностях Тендо. Выживший Шурадо запускает ракету в Чоджи, пытаясь остановить его, заставляя Какаши снова использовать Камуи, чтобы переместить ракету. Это истощает запасы его чакры и приводит к смерти.
Какаши разговаривает со своим отцом
После смерти, Какаши встречает своего отца, Сакумо, ждущего его. Он просит Какаши рассказать ему о своей жизни, на что тот соглашается. Он завершает свою историю, говоря, что понимает выборы, сделанные Сакумо при жизни, и что он гордится быть его сыном. В этот момент Какаши охватывает яркий свет в знак его воскрешения; прежде чем он возвращается к жизни, Сакумо благодарит его за обретение долгожданного покоя, позволяя ему отправиться в Джодо. Какаши пробуждается, удивляя окружающих. Ему сообщают о том, что произошло, пока он был мёртв, в частности об уничтожении деревни Пейном, и возвратившемся Наруто, победившем Пейна. Когда Наруто возвращается в Коноху, Какаши идёт ему навстречу и переносит его обратно, где его победа празднуется всеми жителями.
