Почти через год после окончания войны, Какаши ещё предстоит официально взять на себя обязанности Хокаге, чувствуя, что он является недостаточно подготовленным, оставляя Тсунаде продолжать управлять делами в Конохе. Позже Какаши отправляется на миссию в . Там, Какаши контролирует безопасность первого полёта . Когда дирижабль готовится к отбытию, Какаши замечает кого-то, пробравшегося на борт, обнаруживая, что это был Майто Гай, который всегда хотел полетать подобным образом. Какаши находит место на борту, где они смогут благополучно насладиться полётом.
Во время рейса, Тобишачимару был захвачен , которые требуют, чтобы Коноха освободила их лидера из , пообещав убить заложников и уничтожить Тобишачимару, если их требования не будут выполнены. Какаши призывает своих , чтобы найти взрывчатку, установленную по периметру корабля, в то время как сам противостоит захватчикам. дистанционно убивает двух заложников с помощью , заставляя Какаши сдаться, чтобы предотвратить дальнейшие смерти. В скором времени Гай вступает в бой с лидером захватчиков, , отвлекая его внимание, чтобы Какаши смог освободиться, не будучи замеченным.
Какаши не удаётся оказать поддержку Гаю в связи с появлением Кахьё. Зная, что первоначальной мотивацией Рьюха Бусо Домей является возмездие за смерть невинного сына Кахьё, Какаши пробует указать на то, что теперь действия Рьюха Бусо Домей угрожают невинным пассажирам. Кахьё расстроена наблюдением Какаши и нападает с помощью , создавая пробоину в судне, которая начинает засасывать Какаши, Гая и пассажиров. Прежде чем он падает с судна, Какаши замечает, что маска Кахьё отделяется, и узнаёт в ней женщину, которой он помог в прошлом. Какаши, Гая и пассажиров спасает , который переносит остальных в безопасное место, возвращая Какаши на Тобишачимару.
Когда Какаши возвращается, Рахьё угрожает позволить больному ребёнку умереть, полагая, что это будет справедливой расплатой за смерть сына Кахьё. Какаши пытается остановить его, но оказывается немедленно связан Хьётон: Джисаренхьё, которую Кахьё поместила на него ранее. Какаши разговаривает с Кахьё и убеждает её позволить Саю доставить ребёнка к врачу. Затем его запирают. Вырываясь из заключения, он приходит к выводу, что захватчики планируют превратить пассажиров в человеческие бомбы. Какаши сталкивается с Рахьё по поводу этого, и Кахьё, не подозревавшая о том, что это было задумано с самого начала, ужасается этому. Кахьё атакует Какаши и отменяет свою Хьётон: Джисаренхьё, чтобы он смог сопротивляться, после чего он останавливается за мгновение до того, как убить её, осознавая, что та сожалеет о своих действиях.
Повреждённый Тобишачимару начинает сильно раскачиваться, выбрасывая Рахьё с корабля, а затем бесконтрольно набирает высоту, угрожая удушьем всем на борту. Какаши и Кахьё прокалывают гелиевые мешочки, удерживая корабль на плаву, в то время как Кахьё пытается контролировать его снижение с помощью своего Хьётона. Когда у неё заканчивается влага, чтобы производить лёд, Какаши прыгает с корабля в грозовое облако, используя для генерации дождя. Его спасает , который доставляет его на землю. Какаши наблюдает за тем, как берёт под стражу сбегающих заключённых во время побега Рьюха Бусо Домей и понимает, что их поколение когда-нибудь заменит его собственное. Какаши чувствует, что он, как Хокаге, хотел бы следить за такими вещами, пока они не будут готовы.
Ниндзя Конохи ищут потерпевший крушение Тобишачимару, лечат пассажиров и берут Кахьё под стражу. Тсунаде угрожает казнить её, так как она является главным заговорщиком, пережившим неудавшийся побег из тюрьмы, однако Какаши просит, чтобы ему было разрешено вынести приговор, в рамках своего первого действия в должности Хокаге: Кахьё остаётся в тюрьме до конца своих дней, выступая в качестве надзирателя, и используя свою Хьётон: Джисаренхьё, чтобы сдерживать заключённых. И Тсунаде, и Кахьё соглашаются с этими условиями.
Со своим статусом Хокаге и показаниями Наруто, Какаши дарует Саске помилование и освобождает его из заключения. Он и Сакура провожают Саске, когда тот готовится покинуть Коноху, чтобы странствовать по миру. Какаши предупреждает его не вызвать слишком много проблем.
