Какаши — первый человек, который приветствует Наруто, когда тот возвращается спустя два с половиной года обучения с Джирайей. Наруто дарит ему экземпляр , который Какаши немедленно начинает читать. Когда Наруто уходит, чтобы увидеть Сакуру, Джирайя предупреждает Какаши, что Акацки в ближайшее время начнут действовать. После того, как Наруто и Сакура пересекаются друг с другом, Какаши реформирует команду и проводит ещё одно . В отличие от первого испытания, захват колокольчиков является реальной целью. Какаши также решает серьёзно отнестись к этому испытанию, активируя свой Шаринган и закрыв свою книжку. Как и в прошлый раз, Наруто производит первую атаку, прежде чем испытание официально начинается, но на этот раз у него почти получается. Какаши впечатлён этим и другими признаками их улучшения, но к вечеру они всё ещё не получают бубенчики. Утомлённый этим, Наруто пытается рассказать концовку Ича Ича Такутикусу, заставляя Какаши прикрыть свои уши, чтобы не слышать юношу, и закрыть глаза, чтобы не читать по губам Наруто. Это позволяет Наруто и Сакуре захватить заветные колокольчики.
Какаши против «Итачи»
В то время как команда 7 безуспешно пытается найти миссию, которая бы устроила Наруто, Конохи достигают новости о том, что Акацки похитили , Годайме и . Команда 7 отправляется в для оказания помощи в спасении Гаары. Когда они прибывают в Суну, Какаши атакует , которая принимает его за , однако её брат проясняет путаницу до того, как атака завершается, к большому облегчению Какаши. Команда 7 обрабатывает информацию о похитителях Гаары, и отправляется за ними в погоню; Чиё добровольно сопровождает их, так как они не знакомы с местностью Суны. По пути в логово Акацки они сталкиваются с . Пока они сражаются с ним, Какаши замечает, что что-то не так с их соперником, в частности, из-за отсутствия использования его . Причина этого открывается после того, как Наруто убивает его : их противником был всего лишь .
Какаши использует Камуи на Дейдаре
Команда 7 прибывает в логово Акацки вскоре после того, как была отправлена в качестве подкрепления. После того, как команда Гая разрушает барьер над входом, команда 7 продвигается вперёд и находит бездыханное тело Гаары с похитителями: и . Дейдара забирает тело Гаары и улетает, после чего Наруто и Какаши отправляются в погоню, оставляя Сасори на Сакуру и Чиё. Наруто повторяет неудачные попытки спасти Гаару, побуждая Какаши призвать к проявлению терпения, пока он готовит новую способность: собственный Мангекё Шаринган. Как только он был подготовлен к нападению, Какаши использует на Дейдаре, но его прицел сбивается, и ему удаётся оторвать лишь одну из рук Дейдары. Это создаёт возможность для Наруто вернуть Гаару обратно, на что Дейдара отвечает созданием , чтобы скрыть своё отступление; Какаши снова использует Камуи, чтобы перенести взрыв в другое место.
После того, как они объединяются с Чиё и Сакурой, Чиё , чтобы воскресить Гаару. Команды Конохи посещают её похороны в Сунагакуре, прежде чем вернуться домой. Какаши не может передвигаться из-за чрезмерного использования Мангекё Шарингана, заставляя его нести; выбор Гая по переноске Какаши на спине глубоко беспокоит их учеников.
