Когда Какаши залечивает свои раны, он разглядывает мелкие проблески того, что видит Обито из-за их общего Шарингана: его бой с Наруто и Саске. Какаши обдумывает упорство Обито в попытках убедить Наруто в том, что его действия оправданы и делает вывод о том, что Обито сам не уверен в этом. Он возвращается в бой сразу же после поражения бывшего товарища, готовый лично расправиться с ним, но его останавливает возрождённый . Ощутив те же опасения в Обито, что и Какаши, Минато убеждает последнего, чтобы тот ещё раз попытался поговорить с ним. Какаши признаёт, что смерть Рин является доказательством порочности системы мира шиноби, которую, возможно, никогда не удастся исправить, но считает, что Наруто следует хотя бы попробовать это сделать, так как у него всё ещё есть друзья, которые поддержат его.
Какаши и Минато противостоят Куро Зетсу
Обито решает принять ту же веру в Наруто, что и Какаши, и, чтобы скомпенсировать всё то, что он сделал, готовится использовать , чтобы воскресить всех погибших. Поскольку это будет стоить Обито жизни, Какаши пытается убедить его найти другой способ исправить свои ошибки, но Обито отвечает, что не заслуживает такого простого решения. Тем не менее, когда он выполняет технику, его тело захватывает . Какаши и Минато в замешательстве от того, что произошло, поэтому Обито объясняет, что он вынужденно воскресил Мадару. Затем Куро Зетсу пытается похитить Обито, но присутствие Какаши и Минато мешает ему это сделать. Вместо этого он решает полностью взять под контроль его тело, чтобы они не смогли атаковать его, не повредив самого Обито.
В период ожидания, Гедо Мазо была Мадарой из тела Обито; Какаши пытается использовать Камуи, но ему удаётся лишь оторвать её правую руку. Обито ненадолго восстанавливает контроль и умоляет Какаши уничтожить его Риннеган, чтобы Мадара не смог им завладеть. Пока Какаши и Минато психологически подготавливаются к этому, их находят Гаара и Сакура, которые стараются спасти жизнь Наруто после извлечения Мадарой Кьюби из его тела. Гаара просит Минато запечатать его половину чакры Кьюби в Наруто, чтобы спасти его жизнь. Куро Зетсу перехватывает эту передачу и забирает Кьюби для себя. Мадара, став новым Джинчурики Джуби, вскоре прибывает к ним, чтобы увидеть, почему задерживается Куро Зетсу. Тот пытается подойти к нему, но Обито берёт контроль над своим телом и заставляет его остановиться.
Какаши использует Камуи на Обито
Обито решает, что сможет спасти Наруто. Сначала он похищает фрагменты чакры Мадары, а затем поручает Какаши отправить Наруто и Сакуру в измерение Камуи. Он планирует отправиться туда же, чтобы присоединиться к Наруто, однако его собственное Камуи достаточно медлительно, чтобы Мадара смог ему помешать. Какаши, используя Камуи на товарище в то же время, что и он использует его на себе, удаётся ускорить телепортацию и позволить ему скрыться; нападение, которое проходит сквозь Обито, почти убивает Какаши, но его спасает прибывший Гай. Осознавая то, насколько мало вариантов у них осталось, Гай решает использовать несмотря на возражения Какаши. Поскольку время Гая ограничено, Какаши, Минато, Гаара и объединяют усилия, чтобы нейтрализовать столько Мадары, сколько они смогут: Какаши, Гаарой, перемещает часть оборонительной стены Мадары, которую тот воздвиг вокруг себя. В конце концов, Гай серьёзно ранит Мадару, прежде чем теряет сознание, но так и не одерживает победу.
Наруто восстанавливает глаз Какаши
От добивания Гая Мадару останавливает прибывший Наруто, которого успешно спасает Обито. Наруто и Саске объединяются против Мадары, заставляя его обороняться и отчаянно нуждаться в Риннегане Обито. Не имея других возможностей, Мадара похищает Шаринган Какаши и, имплантировав его себе, использует Камуи, чтобы направиться к Обито; спустя некоторое время Сакура телепортируется обратно, в попытках Обито спасти её. Она готовится вылечить глаз Какаши, но Наруто использует свою , чтобы восстановить первоначальный глаз Какаши. Поскольку они ждут неизбежного возвращения Мадары, Какаши напоминает им об их первом уроке как команды 7: о важности командной работы. В конце концов, Мадара возвращается благодаря Куро Зетсу, который использует свой контроль над телом Обито, чтобы телепортировать их обратно. Какаши наблюдает за тем, как его ученики атакуют Мадару, однако им не удаётся предотвратить активацию .
