MacDonald fue llevado a juicio el 16 de julio de 1979, acusado de tres cargos de asesinato. Fue juzgado en Raleigh, Carolina del Norte, ante el juez Dupree y se declaró inocente de los cargos. MacDonald fue defendido por Bernard Segal y Wade Smith; James Blackburn y Brian Murtagh procesaron el caso. La selección inicial del jurado comenzó en esta fecha y continuaría durante tres días.
Aunque los abogados de MacDonald habían confiado en una absolución, hubo sucesivos fallos en contra de la defensa. El primer fallo de este tipo fue la negativa del juez Dupree a admitir como evidencia una evaluación psiquiátrica de 1979 de MacDonald, que sugería que era muy poco probable que un individuo con su personalidad y mentalidad fuera capaz de matar a su familia. Dupree justificó esta negativa afirmando que, dado que los abogados de MacDonald no se habían declarado culpables de locura por su cliente, no deseaba que el juicio se viera obstaculizado por testimonios psiquiátricos obstinados y contradictorios de los testigos de la acusación y la defensa. Otro revés de la defensa fue el fallo del juez en contra de una moción de supresión de la introducción de la parte superior del pijama de MacDonald como evidencia.
El primer día del juicio, el juez Dupree permitió que la acusación admitiera como prueba la copia de marzo de 1970 de la revista Esquire, encontrada en la casa MacDonald, parte de la cual contenía el extenso artículo relacionado con los asesinatos de la familia Manson. Sin embargo, Dupree también rechazó la solicitud de la fiscalía de permitir que cualquier sección de las transcripciones anteriores del artículo 32 de la audiencia del Ejército de 1970 de MacDonald se presentara como prueba, y dictaminó que, dado que el juicio actual era un juicio civil y la audiencia militar del artículo 32 contenía varios informes de los investigadores militares, que habían sugerido que MacDonald había asesinado a su familia en un ataque de ira inducido por las drogas, esta evidencia también fue obstinada.
En su declaración de apertura ante el jurado, pronunciada el 19 de julio, James Blackburn describió la carga de la prueba que enfrentaba la fiscalía para demostrar la culpabilidad de MacDonald; que la acusación tenía la intención de cumplir con esta carga; y que los asesinatos habían sido cometidos con premeditación. Blackburn luego describió la intención de la fiscalía de delinear evidencia tanto física como circunstancial, indicando la culpabilidad de MacDonald, y presentar numerosos testigos, implorando a los miembros del jurado que "escuchen la evidencia que proviene del banquillo de los testigos, para examinar la evidencia, tal como se le muestra, y llegar a su propia conclusión". Blackburn terminó su declaración de apertura diciendo al jurado: básicamente, creemos que la evidencia física apunta al hecho de que, desafortunadamente, una persona, no dos, tres, cuatro o más, mató a Colette, Kimberley y Kristen, y eso persona es el demandado.
Wade Smith luego argumentó en nombre de la defensa. Smith hizo referencia a los hechos del 17 de febrero de 1970, la investigación del Ejército y la posterior desestimación de todos los cargos. Enfatizando repetidamente que el caso había ocurrido hace más de nueve años y que, en los años intermedios, 'Jeff' había hecho todo lo posible para reconstruir su vida mientras que "otros" no le permitirían olvidar su doloroso pasado, su cliente ahora había sido llevado a juicio para enfrentar los cargos de asesinar a su esposa e hijos, Smith enfatizó a los miembros del jurado su capacidad para aliviar a su cliente de su terrible experiencia al absolverlo de todos los cargos.
Uno de los principales testigos de cargo que testificó fue Paul Stombaugh, a quien la acusación citó para declarar el 7 de agosto. Stombaugh demostró al jurado cómo la parte superior del pijama de MacDonald había sido perforada por 48 agujeros pequeños, lisos y cilíndricos para picahielos después de que la prenda había sido colocada encima del pecho de su esposa. Stombaugh sostuvo que, para que los agujeros fueran tan suaves y sin deshilacharse ni rasgarse, la prenda tendría que haber permanecido inmóvil, algo extremadamente improbable si, como afirmaba MacDonald, se la hubiera envuelto alrededor de las manos para defenderse de los golpes de un atacante empuñando un picahielo o un garrote. Además, Stombaugh demostró que al doblar la prenda de la manera que se muestra en las fotografías de la escena del crimen, los 48 agujeros podrían haberse hecho con 21 golpes del picahielos a través de la prenda, y en un patrón idéntico, lo que implica que Colette había sido apuñalada repetidamente. La parte superior del pijama mientras la prenda estaba sobre su cuerpo. Aunque Segal sometió a Stombaugh a un duro interrogatorio, alzando repetidamente la voz mientras cuestionaba las credenciales y los métodos forenses de Stombaugh, Stombaugh se mantuvo firme en sus conclusiones.
