El 6 de abril de 1970, los investigadores del Ejército advirtieron formalmente y luego interrogaron a MacDonald. Primero se le ofreció la oportunidad de contar su versión de los hechos y relató sus afirmaciones de haber sido atacado por cuatro intrusos, con quienes forcejeó antes de caer al suelo, observando "la parte superior de unas botas" y quedando inconsciente antes de recuperar la conciencia. Experimentando síntomas de neumotórax , en el pasillo después de que los intrusos se fueran.
Los investigadores no estaban convencidos de las cuentas de MacDonald. A mitad del interrogatorio, el investigador del CID, William Ivory le hizo a MacDonald la pregunta sobre sus heridas de arma blanca: no lo hiciste tú mismo, ¿verdad? Esta pregunta llevó a MacDonald a negar la acusación antes de hacer referencia a su herida punzante y a que tuvo que persuadir a los médicos del hospital para que le insertaran un tubo torácico en el cuerpo porque estaba seguro de que su pulmón estaba perforado. El interrogatorio luego se centró en la escena del crimen y los resultados de las pruebas forenses. MacDonald negó que alguna de las armas homicidas se hubiera originado en su casa, a pesar de que la sección de madera coincidía con la madera del armario de Kimberley. También afirmó no estar al tanto de cómo la evidencia de fibra y sangre contradecía sus relatos de sus movimientos y acciones.
"Esta arma fue utilizada en Colette y Kim. Es un arma brutal. Tuvimos tres personas que fueron asesinadas en exceso, casi. Y sin embargo... Te dejan con vida. Mientras estabas tirado en el pasillo, ¿por qué no darte un buen golpe o dos detrás de la cabeza con ese garrote y terminar contigo? Los viste cara a cara. No saben que no podrías identificarlos en una fecha posterior. ¿Por qué dejarte ahí? ¿Vivo?"
El investigador Franz Grebner, interrogando a MacDonald sobre la naturaleza menor de las heridas infligidas a él mismo en comparación con su esposa e hijas, el 6 de abril de 1970.
El investigador Robert Shaw luego preguntó a MacDonald sobre la falta de desorden y daño dentro de la casa, y la falta de cualquier motivo, afirmando que, según la experiencia de los investigadores, si cuatro intrusos se embarcaran en un frenesí asesino dentro de una casa pequeña, esperarían encontrar evidencia como "muebles rotos y espejos rotos y paredes golpeadas" pero los únicos signos de la lucha fueron la mesa de café de la sala de estar con la parte superior pesada, que no se había volcado por completo en medio de su lucha, y una maceta al lado de la mesa con la planta sobre la alfombra y la maceta de pie. MacDonald no pudo ofrecer una explicación plausible para esta observación y también afirmó no saber cómo se recuperaron la sangre y el suero cerebral de Kimberley del dormitorio principal.
Después de un breve descanso, el interrogatorio se reanudó esa misma tarde. El investigador Franz Grebner enumeró más discrepancias físicas entre el relato de MacDonald y la evidencia forense, afirmando repetidamente que todos los hechos apuntaban a que él había preparado la escena del crimen. MacDonald no pudo ofrecer una explicación plausible a este cuestionamiento antes de acusar abruptamente a Grebner de "haberse quedado sin ideas" e intentar incriminarlo para mantener una tasa de homicidios resueltos al 100%. En respuesta, Grebner declaró: tenemos todo este negocio aquí que tendería a indicar que usted estuvo involucrado en esto en lugar de personas que vinieron de afuera y eligieron 544 Castle Drive y subieron allí y tuvieron la suerte de encontrar su puerta abierta.
Cuando los investigadores le pidieron a MacDonald que se sometiera a una prueba de polígrafo para verificar sus cuentas, accedió de inmediato, aunque dentro de los diez minutos posteriores a la conclusión de la entrevista, llamó a los investigadores para decirles que había cambiado de opinión y que no se sometería a ninguna prueba de polígrafo.
En la noche del 6 de abril, MacDonald fue relevado de sus funciones y puesto bajo restricción, en espera de más investigaciones. Al día siguiente, le asignaron un abogado del Ejército. Por recomendación de su madre, el 10 de abril contrató a un extravagante abogado defensor civil, Bernard Segal, para que lo defendiera. Menos de un mes después, el 1 de mayo, el Ejército acusó formalmente a MacDonald de tres cargos de asesinato. Ese mismo día, MacDonald escribió una carta a la madre y al padrastro de Colette profesando su inocencia, enfatizando que el Ejército "nunca admitiría" su error, y especulando que el alma de su esposa puede tener "infinita paciencia y comprensión" de su actual predicamento legal.
