Kadını yaratarak insanları felâkete ve ızdıraba sürüklemesi Zeus'un kinini yatıştırmadı. Bu şımarık mahlûkları tamamıyla yok etmemek, onları müthiş bir tufanın dalgaları arasında boğmak istedi. Fakat kurnaz titan Prometheus bu defa da insanların yardımına koştu. Zeus'un müthiş tasavvurundan, oğlu Deukalion'u haberdar etti. Deukalion, karısı Pyrrha ve Pandora ile beraber Thessalia'da bulunuyordu ve oranın kralı idi. Babasının tavsiyesi ile üstü kapalı bir kayık yaptı ve karısı ile onun içine girdi. Yağmurlar yağdı, sular kabardı, ortalık baştanbaşa deniz kesildi. Onlar dokuz gün dokuz gece dalgalar üzerinde çalkandı durdular. Onuncu günü sular alçalmaya başladı. Fakat ikisinden başka bütün insanlar boğulmuştu. Bu tufan felâketinden kurtulan karı koca, Parnassos yahut Othrys dağına yanaştılar ve karaya ayak bastılar. Deukalion, Baş-Tanrı Zeus’a bir kurban kesti. Tanrı, kendisine kurban kesen bu dindar insana acıdı. Onun ilk adağını yerine getireceğini vadetti. Deukalion, Zeus'dan insanların yeniden yaratılmalarını diledi. Diğer bir efsaneye göre de tufandan kurtulan karı koca, Delphoi'ye gittiler. Themis'e danıştılar, ondan fikir aldılar. Themis onlara dedi ki, “Başınızı birer örtü ile sarınız, elbiselerinizin kemerlerini çözünüz ve eski dedelerinizin kemiklerini alarak omuzunuzun üstünden arkanıza doğru atınız.” Onlar bu tavsiyeye hayret etmekle beraber, Adalet Tanrıçasının dediğini yaptılar. Başlarını sardılar ve yeri yoklayarak buldukları taşları alarak omuzlarından geriye doğru fırlatmaya başladılar. Gerçekten Gaia'nın sinesinden koparılan taşlar onların dedelerinin kemikleri sayılmaz mıydı? Tuhafı şu ki, Deukalion'un koparıp attığı taşlar erkeklere, karısının attığı taşlar da kadınlara dönüşüyordu. Böylece insanlar yeniden türediler ve dünyayı doldurdular. Onlar ikinci defa taştan yaratıldıkları için her şeye katlandılar. Nuh Peygamber gibi, tufandan sonra insanların tekrar türemelerini sağladığı için Deukalion, Yunanlıların babası sayılmaktadır. İlk şehirleri kuran, tanrıların tapınaklarını yükselten odur. Athenai şehrinde Zeus'un mabedini bile onun yaptığını söylerler ve tapınağın yanında ona ait bir de mezar gösterirler. Hâlbuki Kynos, Deukalion'un ve karısının mezarlarının kendisinde olması sebebiyle övünmektedir.
