La historia está protagonizada por Arata Miyako, un nuevo trabajador del gobierno asignado al departamento de "Relaciones Regionales Nocturnas" en la Oficina del barrio de Shinjuku. Cada uno de los veintitrés barrios que componen Tokio tiene un departamento de este tipo, que comenzaron a establecerse para resolver casos paranormales y relacionados con el ocultismo. Arata tiene la capacidad de entender el lenguaje no humano que nadie más entiende y esto le llevará a encontrarse con un youkai en el parque Shinjuku Gyoen que le llamará Abe no Seimei, el nombre de un ocultista y adivino japonés histórico.