Luego de su primera visita a Equestria, pasaron dos años para Naruto Uzumaki cuando para sus amigas ponis solo pasó uno. Una nueva amenaza apareció en el Mundo Shinobi: Toneri Ototsuki, último descendiente de Hamura, el hermano del Sabio de los Seis Caminos, había comenzado sus planes para destrui el mundo. Utilizando el poder de un poderoso artefacto llamado el Altar Tenseigan, el Ototsuki intentó estrellar la luna contra la tierra y secuestrar a Hinata Hyuga para crear un nuevo mundo. Pero no contaba con que los ninjas de Konha llamaran a la princesa Luna, Gobernante de la Noche de Equestria, para que detuviera la luna mientras Naruto refugiaba a Hinata en Equestria.
Finalmente, la batalla terminó en el mundo de Equestria Girls con Naruto derrotando a Toneri en combate singular. La luna fue puesta nuevamente en su sitio, y la paz reinó nuevamente en ambos mundos una vez más. Pero no todo eran buenas noticias. Twilight Sparkle descubrió que ambos mundos tenían diferentes escalas de tiempo porque amobs tenían un ciclo en el cual ambos se alejaban cada vez más el uno del otro. Naruto, sin preocuparse, les aseguró que lo que trajera el futuro lo enfrentarían juntos, no importa lo que fuera, y no importa el tiempo que transcurriera, seguirían siendo amigos sin importar que.
Han pasado 18 años luego de la boda entre Naruto y Hinata, mientras que en Equestria pasaron solo unos cuantos meses. Twilight y sus amigas realizan sus labores de Amistad cada vez que el mapa Cutie se los indicaba, y Naruto mantenía una era de paz como Hokage de Konoha mientras observaba a sus hijos crecer hasta convertirse en magníficos ninjas.
Sin embargo, algo extraño ocurría: inquietantes noticias llegaban a la oficina del Hokage, y con estas... malos augurios que no traían nada bueno para Konoha.
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My Little Shinobi Tercera parte: Amistad que Perdura
FanficTercera parte de My Little Shinobi. Dieciséis años después de lo ocurrido en Reencuentros, un antiguo enemigo reaparece y hace un movimiento en Konoha. Algo horrible ocurre, y Naruto requiere de Twilight y sus amigas una última vez para dejar una es...