Scott e Allison escondem o seu namoro dos pais da Allison, após os mesmos terem descoberto que Scott é um lobisomem e terem proibido os dois de se encontrarem.Peter encontra-se agora morto, porque Derek matou-o para se tornar o novo Alpha.
Derek recruta novos membros para a sua matilha. Isaac Lahey, Erica Reyes, Vernon Boyd.
Derek morde Jackson, mas esse mostra sinais de imunidade.Gerard Argent, avô de Allison, chega à cidade para o funeral da sua filha , Kate. Para se vingar , ele vai caçar, matar todos os lobisomens, inocentes ou não.
Lydia sai do coma após recupera da mordida de Peter. Mas com o tempo ela começa a ter alucinações com Peter. No processo da recuperação, Lydia conhece um adolescente misterioso.
Victoria descobre que Scott e Allison ainda estão juntos e ameaça Scott. Derek acaba por morder Victoria Argent, mãe de Allison, para proteger Scott. Victoria comete suicídio antes que se transformar-se em um lobisomem.
Gerard manipula Allison que estava de luto sobre a morte da mãe, fazendo ela se tornar uma caçadora implacável.
No meio disso tudo a uma nova criatura que anda a matar algumas pessoas, uma delas era o pai de Isaac.
Scott , Stiles, Derek, Allison.. Descobrem que o nome da tal criatura é Kanima e a pessoa que se transforma é um amigo deles e que é controlado por um mestre desconhecido. Por causa da conexão entre o Kanima e seu mestre, descobrem que ele teme a água.
O misterioso mestre ordena ao Kanima para matar Scott e arranja maneira para manter Scott, Stiles, e Derek na delegacia. Mas eles são capazes de escapar, embora Scott se transforma pela primeira vez na frente de sua mãe, Melissa McCall deixando-a horrorizada.
Nesse confronto eles descobrem quem controla o Kanima e quem é a criatura.Gerard tenta forçar Scott para ajudá-lo a enganar Derek entrando na sua matilha.
Quanto ao Kanima, evolui para uma nova etapa, este encontra-se internado, ele cai nas mãos da mãe de Scott, que é uma enfermeira.
Gerard sequestra e tortura Erica e Boyd. Stiles os encontra pendurados e tenta ajudar mas nesse mesmo instante Gerard entra e começa a bater em Stiles. Pouco tempo depois eles são livres.
Percebendo que seu pai, Gerard, esta corrompendo sua filha Allison, Chris Argent ajuda Scott e seus aliados a parar o Kanima.
Gerard, confrontando Scott e seus aliados, e tenta forçar Derek a mordê-lo para que ele transformar-se em um lobisomem e se curar de câncer, caso contrário, ele iria mandar o Kanima matar sua própria neta Allison.
Mas rapidamente eles percebem que Gerard quer matar Derek, assim ele se tornaria o novo Alpha. Quando Derek decide morder Gerard, Scott revela que tinha mudado os medicamentos para o câncer de Gerard com Mountain Ash (um repelente sobrenatural), fazendo com que o organismo de Gerard rejeitasse violentamente a mordida.
Gerard desaparece e antes que o Kanima fizesse alguma coisa , Lydia ajuda-o a voltar a ser ele próprio. Quando ele já está novamente humano, ele consegue com sucesso se transforma num lobisomem.
Ps: o Gerard só ficou a controlar o Kanima porque o tal mestre desconhecido morreu.