Scott, Stiles, Lydia, e Kira vão para o 1º semestre da faculdade com mais preocupações humanas do que sobrenaturais, e ao mesmo tempo, a tentar ajudar sua nova amiga, Malia, a integrar-se de volta à sociedade.
Scott e seus amigos viajam para o Mexico, procurando um clã de caçadores de lobisomens espanhóis, conhecidos como os Calaveras, que já tinham raptado Derek uma vez. A líder dos Calaveras, Araya, ajuda Scott, em electrocutar-lo, a descobrir que Kate Argent, a tia "morta" de Allison, foi quem levou Derek.
Com a ajuda de Braeden, uma mercenária, Scott e seus amigos vão em busca de Derek e Kate em uma cidade abandonada conhecida como La Iglesia, que dizem ser o lar de antigas criaturas sobrenaturais chamadas de Nagual (lobisomens-jaguar).
Quando o jipe de Stiles tem um problema técnico, Scott e Braeden continuam a busca sozinhos. Eles chegam em La Iglesia, um local abandonado em ruínas enterrado no sob da cidade, mas são atacados por criaturas misteriosas que vestem uma armadura com ossos.
Enquanto isso, uma segunda criatura ataca Malia e Kira no deserto, enquanto Stiles tenta arengar o jipe. Ambos os grupos conseguem escapar dos agressores, mas Scott e Braeden encontram uma versão adolescente de Derek enterrado na igreja.
Derek não se lembra de nada, nem do incêndio. Scott diz a Stiles para ele ficar com o adolescente Derek em casa dele. Enquanto Stiles tem que fazer de ama-seca, Scott tenta arengar uma solução ao problema.
O pai de Scott, Steve McCall, já estava em casa e pergunta a Stiles quem é o amigo. Stiles diz que é o seu primo Miguel. (Quem já viu TW vai perceber esta parte x) )
Quando Kate rapta Derek da casa de Scott, Scott pede a ajuda de Peter na esperança de pôr fim ao plano de Kate. Peter identifica as criaturas que atacaram Scott no México como Berserkers, que estão trabalhando para Kate.
Liam Dunbar, um novo jogador coloca a posição de Scott no time de Lacrosse em risco. Vão aver algumas rivalidades entre Scott e Liam por causa do Lacrosse.
Stiles não gosta de imediato de Liam e pensa que ele pode ser uma criatura sobrenatural.
Com o surgimento de um outro inimigo misterioso conhecido simplesmente como Benefector. Que manda listas de todos os seres sobrenaturais para todo o mundo, de assassinos profissionais até pessoas inexperientes na ária de matar. Em troca recebem dinheiro. Mas isso depende de qual e principalmente quem eles matam.
Scott, Stiles, Malia, Kira e Derek estam a tentar quebrar o código da lista de alvos. Em tudo a 3 listas. Todas elas tenham que ser abertas por um código.
Scott teve que transformar Liam para o salvar ou ele caia do predio do hospital, ja que uma ciratura, estava a agarar-lhe os bracos.
Derek e Malia procuram um velho aliado. Lydia procura ajuda para controlar seus poderes.
Uma misteriosa doença toma conta da escola inteira e um novo assasino aparece, colocando em perigo Scott e seus amigos. No meio disso tudo, Malia descobre que o seu nome esta na lista de alvos, não como Malia Tate mas como Malia Hale. Ela afasta-se de Stiles por ele lhe ter contado. E a relação deles pode estar por um fio.
Scott arquiteta um perigoso plano para atrair o Benfeitor.
Malia confronta seu passado. E descobre quem são os seus pais.
Um assassino foca a sua atenção em Scott, Liam e Malia durante a fogueira anual do time de Lacrosse. Liam e Malia bebem até ficarem bêbados, mas Scott diz-lhes que eles não conseguem ficar. Mas passado um tempo eles, até mesmo Scott que não tinha bebido nada, comecem a ficar ou pelo menos parecem. O melhor amigo de Liam fica preocupado com eles e fica ainda mais quando vê Scott, Liam e Malia a serem levados.
Enquanto isso, Lydia descobre um segredo de família.
Scott e Kira lutam para proteger o bando de Satomi, também sobrenatural, dos assassinos. Malia e Stiles descobrem a origem da lista de alvos. E conseguem acabar com a lista a tempo.
Scott e Kira são raptados por Kate e leva-os para o México, e para salvar seus amigos das garras de Kate, Stiles, Lydia, Liam, Derek e Brendan e até mesmo Peter, vão de volta para La Iglesia.
