Oups ! Cette image n'est pas conforme à nos directives de contenu. Afin de continuer la publication, veuillez la retirer ou mettre en ligne une autre image.
Six ans après les , l'agent spécial américain est envoyé en mission en Europe. La fille du président des États-Unis, , a été enlevée et serait, selon les informations dont il dispose, détenue dans un village de l' rurale. Deux policiers de la région le conduisent dans une campagne reculée à bord de leur voiture, non sans se moquer ouvertement de lui. Après avoir traversé un pont de corde rudimentaire, ils le déposent et le laissent continuer seul, au beau milieu d'une forêt brumeuse et humide...
Leon comprend rapidement qu'il n'est pas le bienvenu dans ce hameau à l'allure faussement paisible, où il fait face à des habitants particulièrement hostiles qui agissent sous l'emprise de (« Les Illuminés » en espagnol), la secte qui a kidnappée Ashley. Au cours de son périple, il est assommé et capturé par le chef de ce village, . Pendant le blackout qui s'ensuit, on lui inocule un par , en y associant des discours occultes. Ce parasite, appelé Las Plagas (« fléau » ou « peste » en espagnol), prive de sa volonté toute personne contaminée, faisant d'elle une marionnette entre les mains de la secte. C'est ce virus qui a transformé la population locale en hordes de guerriers sanguinaires.
Il se réveille, captif, aux côtés de , un ancien chercheur de Los Illuminados en fuite. Ils parviennent à se libérer, mais Luis fausse très vite compagnie à Leon, qui continue alors sa mission première. Il parvient finalement à localiser et à libérer Ashley dans l'église du village. Au moment où ils s'échappent, , le chef suprême des Illuminados, leur dévoile son plan machiavélique. En kidnappant Ashley, il veut également lui inoculer le parasite afin qu'elle contamine son père, le président des États-Unis. Il espère ainsi propager son pouvoir aux institutions de la première puissance mondiale, et corrompre par la suite la scène politique internationale.
Après avoir éliminé Bitores Mendez, Leon et Ashley se réfugient dans le château avoisinant. Ils sont alors attaqués par des moines Illuminados fanatisés, qui agissent sous le commandement de , l'actuel gouverneur de la région, lui-même sous domination de Saddler. Les deux se retrouvent séparés à nouveau par un des nombreux pièges du château. Pendant ce temps, Luis recherche les pilules pour ralentir l'infection de Leon et Ashley, ainsi qu'un échantillon de Las Plagas. Au moment où il s'apprête à les donner à Leon, Luis est tué par Saddler, qui s'empare dans la foulée de l'échantillon. Kennedy récupère cependant les pilules curatives, qui lui permettront de limiter les effets du parasite. Il poursuit sa quête mouvementée à travers le château, et finit par tuer Salazar. Il rencontre alors , une vieille connaissance au parcours nébuleux, qui l'aide à atteindre l'île voisine où a été transférée Ashley.
Il réussit à se frayer un chemin à sur cette île entièrement militarisée, remplie de soldats infectés toujours plus puissants. La fille du président se fait de nouveau enlever par Saddler, ne pouvant résister à sa volonté à cause du parasite qu'elle porte en elle. Leon découvre bientôt que , l'un de ses anciens collègues de l'armée présumé mort dans un crash d'hélicoptère deux ans auparavant, est responsable de l'enlèvement d'Ashley. Il apprend plus tard que Ada et Krauser travaillent pour le compte d', et ont tous deux pour mission de ramener un échantillon de Las Plagas. Ada a été envoyée en renfort lorsque Wesker s'est rendu compte qu'il ne servait à rien de tenter quoi que ce soit de l'intérieur de la secte, et qu'il était préférable de s'en emparer directement.
Leon parvient à éliminer Krauser au terme d'un âpre combat, et libère ensuite Ashley du cachot où elle était retenue en otage. Plus tard, ils réussissent à retirer le parasite de leurs corps en utilisant une sorte d'appareil de la secte. Leon affronte finalement Saddler, et avec l'aide d'Ada, parvient à le supprimer. Cette dernière, fidèle à son comportement dual, subtilise alors l'échantillon à Leon sous la menace d'une arme. Avant de s'enfuir à bord d'un hélicoptère, elle envoie la clé d'un pour lui permettre de prendre le large avec Ashley, au moment même où le complexe scientifique de l'île explose en arrière-plan. La fille du président est saine et sauve : mission accomplie.
