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En 2009, onze années après l'incident du manoir Spencer et cinq ans après la chute d', , l'un des membres fondateurs de la BSAA (Bioterrorism Security Assessment Alliance), se rend dans le village africain de Kijuju pour empêcher la tenue d'une vente d'armes biologiques au . Il est épaulé dans cette mission par , membre de la division africaine de la BSAA qui est chargée de l'aider contre la menace bioterroriste.
En rencontrant Sheva, Chris se souvient de son ancienne partenaire . Chris est en contact radio avec l'équipe Alpha dirigée par qui a pris position dans une autre zone du village. Au point de contrôle, Kirk l'informe qu'un certain devrait être présent dans une vente d'armes biologiques et qu'ils doivent aller voir un contact pour récupérer leurs armes et en savoir plus sur la situation.
Sur le chemin qui mène à l'indicateur, ils aperçoivent vaguement des enlèvements de personnes dans les ruelles. Ils remarquent que les villageois ne sont pas très accueillants et plutôt avides de violence. Le contact leur demande s'ils ont déjà entendu parler d' ; il leur explique que c'est bien pire que ce qu'ils pensaient et que leur mission consiste à récupérer des preuves et partir au plus vite.
Armes en main, Chris et Sheva découvrent un village vide jonché de cadavres d'animaux torturés, et arrivent devant une maison où Sheva entend un cri. En y entrant, ils découvrent deux villageois faisant avaler un étrange embryon à un troisième. Surpris par les sommations de Chris, les deux agresseurs fuient en laissant leur victime sur le sol. Cette dernière crie de douleur puis attaque soudainement Chris. Tous deux ne tardent pas à se rendre compte qu'une nouvelle sorte de virus se propage parmi la population, non plus naturellement comme dans les anciens épisodes mais par l'intermédiaire d'une population déjà infectée. En effet ces nouveaux infectés ne sont pas lents et inconscients, ils gardent une certaine forme de conscience sectaire. Ils communiquent entre eux, se déplacent rapidement et utilisent des armes (tout comme dans ).
À partir de ce moment, ils entendent quelqu'un parler dans un , rompant le calme du village. Les villageois reviennent ensuite en nombre et poursuivent Chris et Sheva qui décident de se barricader dans une maison. Ils arrivent à en sortir par un passage souterrain et se retrouvent dans une nouvelle grande maison. De la fenêtre, ils aperçoivent celui qui parle dans le mégaphone, entouré d'un grand nombre de villageois encore plus avides de violence.
Après avoir remarqué la capture de leur contact et sa décapitation par une créature appelée , le meneur les repère et utilise son mégaphone pour appeler la population à un lynchage collectif de Chris et Sheva. Kirk leur vient au secours avec son hélicoptère.
Logo de la compagnie pharmaceutique Tricell, une entreprise concurrente à la .
À mesure de leur progression dans le village, ils apprennent que les informations sur la vente d'armes étaient un piège préparé par Irving qui a coûté la vie à toute l'équipe Alpha, assassinée par une arme biologique inconnue. Chris et Sheva finissent par rencontrer cette créature biologique appelée pour la première fois. Arrivés au point de contrôle de l'équipe Alpha, le QG leur donne de nouveaux ordres et leur précise que l'équipe Delta arrive sur place pour les appuyer dans leur nouvelle mission, capturer .
Plus tard, ils découvrent qu'une organisation nommée Tricell a repris les expériences d'. semble également ne pas être étranger à ces événements. Chris et Sheva vont alors devoir s'allier pour sortir vivants de cet enfer.
