Aelita Stonz è una normalissima ragazza americana di ventidue anni e con vita apparentemente serena. Nasconde vari segreti, uno dei tanti è che lei è la protettrice del mondo virtuale Lyoko. Difende il mondo virtuale da Xana, una furia che distrugge tutto ciò che tocca. Sarà affiancata in questa avventura dalle cugine Sammy e Lucia.