Después de unas largas vacaciones de verano, Shinji regresa a clases, el ambiente aparentemente sigue igual, los mismos profesores y los mismos amigos. Pero la vida de Shinji cambia drástica mente cuando llegan dos nuevos alumnos, Kaworu Nagisa y su hermana gemela, Rei. Shinji se sorprende de verlos puesto que ambos son muy guapos, pero nada es lo que parece. Ambos hermanos, guardan un pasado misterioso y el niño Kaworu muestra una instantánea atracción hacía Shinji. ¿Qué sucederá?
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