Oskarżenia o kanibalizm były wykorzystywane jako zręczne narzędzie do dehumanizacji populacji obcych Europejczykom. Nie znaczy to jednak, że kanibalizm nie występował w niedawnej historii. Jednym z najbardziej kontrowersyjnych tematów w tej dziedzinie jest kwestia jedzenia ludzi przez Amerindian, czyli grup rdzennych mieszkańców Ameryki, nazwanych przez Krzysztofa Kolumba Indianami. Niektórzy badacze argumentują, że kanibalizm mógł być metodą na uzupełnienie białka w diecie. Inni, że był efektem niedoboru serotoniny, zwiększającego agresję. Są i tacy, którzy twierdzą, że kanibalizm nigdy tam nie występował, a wszelkie doniesienia z drugiej ręki należy uznać za kłamstwa i przeinaczenia. Nie da się jednak obronić tego stanowiska.
Jednym z najciekawszych dowodów na występowanie kanibalizmu w Ameryce jest stanowisko archeologiczne na terenie dzisiejszego stanu Colorado. W domach należących kiedyś do Amerindian z grupy plemion Pueblo odnaleziono narzędzia do krojenia, które miały na sobie ślady ludzkiej krwi. Ciekawszym znaleziskiem okazał się jednak leżący nieopodal ludzki koprolit, czyli skamieniały ekskrement. Analizy biochemiczne wykazały, że znajdowały się w nim cząsteczki ludzkiej mioglobiny — białka występującego w mięśniach. Jest to jeden z najbardziej bezpośrednich dowodów kanibalizmu, jaki kiedykolwiek odnaleziono. Nie udało się ustalić, co doprowadziło tamtą populację do spożywania ludzkiego mięsa, ale stwierdzono, że tuż po kanibalistycznej uczcie osada została porzucona. Nie wiadomo więc, czy Pueblo padli ofiarą kanibali z innej wrogiej grupy, czy wyniszczyła ich klęska głodu i zaczęli zjadać się nawzajem.
