16 Ocak 1998'de Refah Partisi'nin Anayasa Mahkemesi tarafından kapatılmasıyla Milli Görüş geleneğinden gelen siyasiler Fazilet Partisi altında tekrar birleşti. Ancak değişmeyen politikalar ve değişmeyen yaşlı lider kadro sebebiyle partinin halk tabanında karşılık bulamadığını düşünen Abdullah Gül liderliğindeki Yenilikçiler, Gelenekçiler ile Fazilet Partisi kongresinde başkanlık yarışına girdi. 14 Mayıs 2000 tarihinde düzenlenen kongreyi kıl payı bir farkla kaybeden Yenilikçiler artık partide toplum tabanlı bir siyaset yapılamayacağını düşünmeye başladılar. Bu ortam içinde Fazilet Partisi de Refah Partisi ile aynı akıbete uğrayarak kapatıldı (22 Haziran 2001). Hapisten çıkan Recep Tayyip Erdoğan'ın da aralarına katılması ile Yenilikçiler hemen yeni bir parti çalışmalarına başladı.
14 Ağustos 2001 tarihinde kurulan partinin kuruculardan Recep Tayyip Erdoğan, Abdullah Gül, Abdüllatif Şener, İdris Naim Şahin, Binali Yıldırım ve Bülent Arınç partinin önde gelen isimleridir. Bünyesinde Millî Selamet Partisi-Refah Partisi-Fazilet Partisi (Millî Görüş), Anavatan Partisi (Turgut Özal'a yakın isimler) ve Adalet Partisi-Doğru Yol Partisi (merkez sağ) kökenli isimleri barındırmaktadır.
15 aylık bir parti olarak 3 Kasım 2002 tarihinde yapılan seçimlerde en yüksek oy oranını alarak (geçerli oyların %34,63'ü) Abdullah Gül başkanlığında 58. Cumhuriyet Hükümeti'ni kurdu. Aldığı siyaset yasağı[25] nedeniyle kabine ve TBMM'de yer alamayan genel başkan Erdoğan'ın bu yasağı, Cumhuriyet Halk Partisinin de desteklediği bir anayasa değişikliği ile kaldırıldı. Erdoğan, 8 Mart 2003 tarihinde Siirt'te yapılan yenileme seçimlerinde milletvekili seçilerek meclise girdi. Bunun üzerine Gül başkanlığındaki 58. Hükümetin 11 Mart 2003 tarihindeki istifasının ardından Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer'den hükûmeti kurma görevini alan Erdoğan, 15 Mart 2003'te 59. Cumhuriyet Hükümeti'ni kurdu.
Parti, bazı karşıtları tarafından "millî görüş" hareketinin bir parçası olmakla suçlansa da, partinin önde gelen isimleri bu yakıştırmayı şiddetle reddetmektedir. Bunun basın-yayına yansıyan en belirgin örneği, partinin kurucusu Erdoğan'ın bir konuşmasında "Milli görüş gömleğini çıkardık" şeklindeki deyişidir.[26]
2004 yılında yapılan yerel seçimlerde, İl Genel Meclisi seçim sonuçlarına göre %41.67'lik oyla birinci olan parti, belediyeler bazındaki sonuçlara göre ise 1.950 belediye kazandı. 15 büyükşehir belediyesinden 11'ini de kazanarak Ege ve Güneydoğu Anadolu'daki bazı il belediyeleri hariç tüm Türkiye'de başarılı oldu.
2007 yılında yapılan genel seçimlerde, daha öncesinde meydana gelen cumhurbaşkanlığı seçimleri tartışmaları ve 27 Nisan Bildirisi gibi tartışmaların ardından, %46.58'lik bir oy oranı ile Türkiye tarihinde hükûmette bulunan bir parti olarak girmiş olduğu seçimlerde oy oranını arttıran birkaç partiden biri oldu. Türkiye'nin 81 ilinin, Tunceli hariç 80'inden milletvekili çıkardı.
2009 yerel seçimlerinde 15.513.554 seçmenin oyunu aldı. Yüzde 38.8 ile oy oranı düşse de Türkiye genelinde birinci parti konumunu korudu. İstanbul ve Ankara gibi 10 büyükşehir belediyesi ile beraber toplamda da 1442 belediye kazandı.
2011 genel seçimlerinde ise neredeyse %50 oranında ve yaklaşık 21 buçuk milyon oy alarak 326 milletvekili çıkardı.
Tarihi boyunca girmiş olduğu üç genel seçimde de birinci parti olarak ipi birinci göğüsledi. Ayrıca Türkiye tarihinde girdiği üç seçimde de oyunu yükselterek iktidarda kalmayı başaran ilk partidir.
2007 cumhurbaşkanlığı seçimi
AK Parti Genel Başkanı ve Başbakan Recep Tayyip Erdoğan (sol) ve 11. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül (sağ).
2007 yılına girildiğinde, görev süresi dolmak üzere olan Cumhurbaşkanı Sezer'in yerine Erdoğan'ın aday gösterilmesi ihtimali üzerine özellikle büyük şehirlerde (Ankara, İstanbul ve İzmir gibi); ADD, ÇYDD, İstanbul Barosu, DİSK, KESK gibi bazı kurum ve kuruluşlar tarafından "Cumhuriyet Mitingleri" düzenlendi.2008 yılında Ergenekon Operasyonu dahilinde bu mitinglerin darbeye zemin oluşturmak adına silahlı bir terör örgütü tarafından yapıldığı iddia edildi ve yapılan aramalarda bunu destekleyen belgelere rastlandığı öne sürüldü. ADD başkanı ve emekli Orgeneral Şener Eruygur bu iddialar neticesinde tutuklandı.Tüm gelişmelerden sonra parti tarafından cumhurbaşkanı adayı olarak Abdullah Gül gösterildi. Bunun üzerine CHP, cumhurbaşkanlığı seçimi için genel kurulda en az 367 milletvekilinin toplanmış olması gerektiğini iddia edip seçimler sırasında genel kurula gelmeyerek cumhurbaşkanlığı seçimlerini boykot etti. Aslen bu iddia anayasa kaynaklı olmayıp onursal cumhuriyet başsavcısı Sabih Kanadoğlu tarafından ortaya atılmıştı.
CHP, ilk oturumda 367 milletvekili bulunmasına rağmen toplam oy 367'nin altında kalınca cumhurbaşkanlığı seçimi oturumlarının iptali için Anayasa Mahkemesi'ne başvurdu. Mahkemenin seçimi iptal etmesi üzerine erken seçime gidilme kararı alındı. Parti, 22 Temmuz Seçimleri'nde de oyların %46,7'sini alarak seçimden oylarını arttırarak çıktı. Böylece Erdoğan, hükûmeti kurma görevini aldı. Parti aynı seçimde 18 bin Avro karşılığında AK Robot isimli bir robot kiralamış ve Türkiye Cumhuriyeti tarihinde bu yolla seçim propagandası yapan ilk parti olmuştur.
22 Temmuz Seçimleri'ne göre TBMM'ye giren üçüncü parti konumundaki Milliyetçi Hareket Partisi, CHP'nin aksine Cumhurbaşkanlığı seçimlerini boykot etmek amacıyla genel kurula gelmeme fikrini benimsemedi ve bunun sonucu olarak tekrar aday gösterilen Dışişleri Bakanı ve Başbakan Yardımcısı Abdullah Gül, Türkiye Cumhuriyeti'nin 11. Cumhurbaşkanı oldu.
Kapatma davası
Ana madde: Adalet ve Kalkınma Partisinin kapatılma davası
14 Mart 2008 tarihinde Yargıtay Başsavcısı Abdurrahman Yalçınkaya, "Adalet ve Kalkınma Partisinin laikliğe aykırı eylemlerin odağı durumuna geldiği" savıyla, Anayasa Mahkemesi'nde "Adalet ve Kalkınma Partisinin temelli kapatılma davasını açtı.Başsavcı, Cumhurbaşkanı Gül ile Başbakan Erdoğan'ın da aralarında olduğu 71 kişinin, siyasetten 5 yıl uzaklaştırılmasını istedi. 30 Temmuz 2008'de açıklanan kararla, 10 üyenin 6'sının kapatılması yönünde, 4'ünün hazine yardımının kesilmesi yönünde ve Anayasa Mahkemesi Başkanı Haşim Kılıç'ın ret oylarıyla kapatılmadı. Hazine gelirinin yarısının kesilmesi kararı alındı.
HAS Parti ile bütünleşmesi
12 Temmuz 2012'de AK Parti Genel Başkanı ve Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, HAS Parti Genel Başkanı Numan Kurtulmuş'a partilerinin bütünleşmesini teklif etmiştir.İki partinin yetkili organlarınca alınan karara göre bir bütünleşme süreci başlamıştır.Sürecin sonunda, delegelerine genel kurul çağrısında bulunan HAS Parti, 19 Eylül 2012 günü gerçekleştirdiği olağanüstü kongrede, geçerli 177 oyun 165'i gereğince 'bütünleşme sebebiyle fesih' kararı alarak kapanmıştır.
HAS Parti'nin feshedilmesinin ardından, Numan Kurtulmuş, birçok partiliyle birlikte 22 Eylül 2012 günü düzenlenen törende AK Parti'ye katılmıştır.
