Era medievale
L'era medievale giapponese fu caratterizzata dall'emergere di una classe nobile e colta di guerrieri, i samurai. Nel 1185 in seguito alla sconfitta dei nemici del clan Taira, Minamoto no Yoritomo venne nominato Shōgun a vita e nel 1192 stabilì la sua base di potere a Kamakura. Da allora il titolo di shogun divenne ereditario e il Giappone incominciò a essere governato da una oligarchia militare: con lo shogunato le élite e la popolazione si divisero in caste, pertanto si creò un'organizzazione sociale per certi versi simile ai sistemi feudali occidentali controllata e mantenuta stabile dai samurai. Dopo la morte di Yoritomo un altro clan guerriero imparentato con lui, il clan Hōjō, divenne reggente per gli shōgun. Lo shogunato Kamakura riuscì a respingere le invasioni mongole nel 1274 e nel 1281 con l'aiuto di una tempesta che venne interpretata dai giapponesi come un kamikaze o "vento divino". Lo shogunato Kamakura durò altri cinquant'anni e venne infine spodestato da Ashikaga Takauji nel 1333. Il successivo shogunato Ashikaga non riuscì a controllare i signori della guerra feudali (daimyō) e ciò provocò lo scoppio di una guerra civile. La guerra Ōnin (1467-1477) viene generalmente considerata come l'anticamera degli "Stati in guerra" o periodo Sengoku. Nel XVI secolo commercianti e missionari portoghesi raggiunsero per la prima volta il Giappone, dando inizio al periodo Nanban ("barbari meridionali") di attivi scambi commerciali e culturali tra il Giappone e l'Occidente, introducendo anche la religione cattolica. Oda Nobunaga conquistò numerosi altri daimyo utilizzando tecnologie e armi da fuoco europee ed era sul punto di unificare la nazione quando venne assassinato (cfr. "Incidente di Honnōji") nel 1582. Toyotomi Hideyoshi succedette a Nobunaga e unificò la nazione nel 1590. Hideyoshi tentò due volte di invadere la Corea, ma venne ogni volta arrestato dalle forze coreane e dalla dinastia Ming cinese. In seguito a numerose sconfitte e alla morte di Hideyoshi le truppe giapponesi vennero ritirate nel 1597.
