Periodo Edo
Tokugawa Ieyasu sfruttò – dopo la morte di Hideyoshi – la sua posizione di reggente del figlio di Hideyoshi, Toyotomi Hideyori, e i conflitti sorti tra i lealisti del clan Toyotomi, per ottenere il supporto di diversi signori della guerra da tutto il Giappone. Quando scoppiò la guerra aperta sconfisse i clan rivali nella battaglia di Sekigahara nel 1600. Ieyasu venne nominato shōgun nel 1603 e stabilì lo shogunato Tokugawa a Edo (la moderna Tōkyō).
Dopo aver sconfitto il clan Toyotomi nell'assedio di Osaka nel 1614 e nel 1615 i Tokugawa divennero i governanti del Giappone, imponendo un sistema feudale centralizzato con lo shogun Tokugawa a capo dei domini feudali. Dopo la morte di Ieyasu lo shogunato Tokugawa instaurò diverse misure per controllare i daimyo, tra cui la politica sankin-kōtai di rotazione forzata della residenza tra i feudi ed Edo. Nel 1639 lo shogunato cominciò la politica isolazionista del sakoku («Paese chiuso»), che diede vita a due secoli e mezzo di tenue unità politica conosciuto come periodo Edo. Questo viene spesso considerato come l'apice della cultura medievale giapponese. Lo studio delle scienze occidentali, conosciuto come rangaku, continuò in questo periodo mediante contatti con l'enclave olandese di Dejima a Nagasaki. Il periodo Edo vide la nascita del kokugaku, letteralmente «studi giapponesi», sebbene più correttamente rappresenti lo studio delle origini del Giappone da parte dei giapponesi stessi. Yamaga Soko fu uno stratega che sostenne i princìpi del Bushido, le cui idee ebbero una forte influenza sui Quarantasette Ronin e il Sonnō jōi. Il lungo governo shogunale del bakufu irrigidì lo schema sociale dell'arcipelago giapponese. La classe dirigente era rappresentata dalla grande nobiltà terriera (Bushi), feudatari dipendenti direttamente dagli Shogun Tokugawa e suddivisi in Daimyo, Hatamoto, Gokenin e Bashin. Il territorio era suddiviso in dieci regioni:
Gokinai (le cinque province interne);To kai do (strada per il mare orientale);To san do (strada per i monti orientali);Foku roku do (paese del territorio settentrionale);San in do (strada per la zona ombrosa delle montagne);San yo do (strada per la zona soleggiata delle montagne);Nan kai do (strada per il mare meridionale);Sai kai do (strada per il mare occidentale);isola Iki;isola Tsushima;governo militare di Ezo (Hokkaido).
