L'arcipelago giapponese è composto da un totale di 6 852 isole situate al largo delle coste orientali asiatiche, confina con il mar di Ohotsk a nord, l'oceano Pacifico a est, il mar Cinese Orientale a sud e il mar del Giappone a ovest.Il Paese, comprese tutte le isole da esso controllate, si trova tra le latitudini 24° e 46° N, e longitudine 122° e 146° E.Le quattro isole principali, da nord a sud, sono Hokkaido, Honshu, Shikoku, Kyushu, le quali formano un arco lungo circa 3 000 km che si apre verso nord-ovest. Le isole Ryukyu, Okinawa compresa, sono situate a sud di Kyūshū. Il 73% del territorio giapponese è composto da foreste e montagne, rendendolo inadatto per l'uso agricolo, industriale o residenziale. Il sistema montuoso principale è costituito dalle Alpi giapponesi, situate al centro di Honshu, a cavallo della fossa tettonica Itoigawa-Shizuoka. La maggior parte delle vette, caratterizzate da forme spigolose e cime scoscese, sfiorano e in alcuni casi superano i 3 000 metri[34] (la vetta più alta è il monte Fuji-san, 3 776 m). Le pianure, delle quali la pianura Kanto è la più vasta, sono situate lungo la costa o lungo le vallate interne.Le isole del Giappone si trovano in una zona vulcanica all'interno della cintura di fuoco del Pacifico. Esse sono principalmente il risultato di grandi movimenti oceanici verificatisi nel corso di centinaia di milioni di anni, a partire dalla metà del Siluriano sino al Pleistocene, a causa della subduzione della placca delle Filippine sotto la placca dell'Amur e della placca di Okinawa a sud, e della subduzione della placca pacifica sotto la placca di Okhotsk a nord. Il Giappone era originariamente collegato alla costa orientale del continente eurasiatico. I movimenti oceanici hanno spinto il Giappone verso est, formando il Mar del Giappone circa 15 milioni di anni fa. Il Giappone ha 165 vulcani, di cui 108 attivi. Terremoti distruttivi, spesso con conseguenti tsunami, si verificano più volte ogni secolo.Il terremoto del Kanto nel 1923 uccise oltre 140 000 persone. Tra i terremoti più recenti più importanti si ricordano il grande terremoto di Kobe del 1995 e il terremoto del Tohoku dell'11 marzo 2011. Quest'ultimo fece registrare un magnitudo di 9.0, innescando uno tsunami di grandi dimensioni.
