Più del 99% della popolazione parla giapponese come prima lingua. Il giapponese è una lingua agglutinante caratterizzata dalla presenza di un sistema di onorifici che riflettono la natura gerarchica della società giapponese, con forme verbali e un particolare vocabolario indicante lo stato sociale di chi parla e di chi ascolta. Il sistema di scrittura giapponese utilizza i kanji (caratteri cinesi) e due serie di kana (alfabeti sillabici basati sui caratteri cinesi semplificati), così come l'alfabeto latino e i numeri arabi.Oltre il giapponese, le lingue ryukyuane, facenti parte della famiglia delle lingue nipponiche, continuano a essere usate a Okinawa, mentre la lingua Ainu, che non ha alcuna relazione dimostrata con la lingua giapponese o qualsiasi altra lingua, è quasi scomparsa, utilizzata solamente da pochi anziani nativi a Hokkaido. La maggior parte delle scuole pubbliche e private richiedono agli studenti di seguire corsi sia in giapponese sia in inglese.
