Preistoria ed era classica
I primi segni di civiltà risalgono al XI millennio a.C. circa, con la cultura Jōmon, caratterizzata dal mesolitico al neolitico da uno stile di vita semi sedentario cacciatore-raccoglitore e da una forma rudimentale di agricoltura. Si ritiene che tra la popolazione Jomon vi fossero gli antenati delle attuali popolazioni Ainu e Yamato e che questi perciò rappresentino i discendenti dei primi abitanti del Giappone. I vasi di terracotta decorati realizzati in questo periodo costituiscono alcuni dei più antichi esempi superstiti di ceramica al mondo. Vasellami in Giappone: I resti di ceramica più antichi al mondo si trovano nei siti della grotta di Yuchanyan (Hunan, Cina), dove sono datati col metodo del carbonio-14 16100-14500 a.e.v. e a Miaoyan (Guangxi, sempre in Cina), qua invece datati 17100-15400 a.e.v. L'antichità di tali siti è pari, se non superiore d'alcuni millenni, ai siti corrispondenti in Giappone del principio del periodo Jōmon, i siti di Simomouchi e di Odai Yamamoto datati 17000 e 15000 a.e.v.Il periodo Yayoi, iniziatosi intorno al 300 a.C., segnò l'introduzione di nuove pratiche come la coltivazione del riso e la produzione di oggetti in bronzo e ferro, portate da immigrati dell'Asia continentale orientale. Il Giappone compare per la prima volta in registrazioni scritte nell'Hou Hanshu cinese del 57 d.C., come «il popolo di Wa, formato da più di un centinaio di tribù». Secondo il Libro di Wei cinese il più potente regno giapponese nel III secolo era chiamato Yamataikoku ed era governato dalla leggendaria regina Himiko.
Durante il periodo Kofun, dal III secolo al VII secolo, si stabilì un centro dominante politico basato nell'area di Yamato, da dove sorse la linea dinastica degli imperatori giapponesi. Il buddhismo fu importato in Giappone dal regno coreano di Baekje, a cui il Giappone fornì aiuto militare, ricevendo il supporto della classe governante. Il principe Shōtoku si impegnò a diffondere il Buddhismo e la cultura cinese in Giappone. Gli viene attribuito l'aver portato una pace relativa al Giappone attraverso la proclamazione della Costituzione di 17 articoli. Cominciando con gli editti di riforma di Taika del 645 la corte Yamato intensificò l'adozione di pratiche culturali cinesi e riorganizzò il governo e il codice penale basandosi sulla struttura amministrativa cinese dell'epoca.Ciò preparò la strada al dominio della filosofia confuciana in Giappone fino al XIX secolo. In questo periodo venne utilizzata per la prima volta la parola Nihon (日本) come nome per lo Stato emergente. Il periodo Nara dell'VIII secolo segnò il primo emergere di un forte Stato giapponese, centrato intorno alla corte imperiale nella città di Heijō (l'odierna Nara). La corte imperiale si trasferì per un breve periodo a Nagaoka-kyō e quindi a Heian-kyō (ora Kyōto). Gli scritti storici del Giappone culminarono all'inizio dell'VIII secolo con le cronache epiche del Kojiki e del Nihon Shoki. Queste due cronache danno un resoconto leggendario delle origini del Giappone. Secondo esse il Giappone venne fondato nel 660 a.C. dall'imperatore Jinmu, un discendente della divinità shintoista Amaterasu (la dea del sole). Si dice che Jinmu sia l'antenato della dinastia imperiale, rimasta ininterrotta fino ai nostri giorni. Comunque secondo gli storici il primo imperatore realmente esistito fu l'imperatore Ōjin. Durante il periodo Heian (794-1185) fiorirono arte, poesia e letteratura autoctone, immortalate all'inizio dell'XI secolo dalla dama di corte Murasaki Shikibu nel Genji monogatari (Il racconto di Genji), il più antico racconto ancora esistente. I reggenti del clan Fujiwara controllarono la politica dell'epoca.
