Le aree urbanizzate si concentrano lungo le coste dove le città sono sorte in corrispondenza delle zone pianeggianti e coltivabili, sviluppandosi poi come centri portuali e industriali. Da Tokyo-Yokohama sino a Osaka si estende un'unica grande conurbazione comprendente diverse città per un totale di oltre 25 milioni di abitanti.La città più popolata, nonché capitale del Paese nipponico, è Tokyo, che con i suoi 8 956 000 abitanti è considerato dalle Nazioni Unite il maggiore agglomerato urbano al mondo. Tokyo possiede una suddivisione amministrativa che prevede 23 quartieri speciali (ku), 26 città (shi), 5 paesi (machi) e 8 villaggi (son o mura). Altri importanti centri sono Osaka, importante porto e scalo aeroportuale, nonché tra i principali centri finanziari del Paese;Nagoya, centro industriale che si distingue per le porcellane, i tessili e la ceramica; Kyoto, la capitale storica, nota soprattutto per le attività nel campo della produzione di oggetti d'arte, tra cui la tessitura e la stampa della seta;e Kobe, importante porto, e tra le città più apprezzate dai turisti. Di seguito le prime cinque città giapponesi per abitanti, aggiornate al 2 maggio 2012
