A causa della conformazione stretta e allungata delle isole giapponesi, i fiumi che attraversano il Paese sono generalmente brevi. Essi sono inoltre rigonfi durante il disgelo primaverile o le piogge estive, diventando invece esigui corsi d'acqua durante la stagione asciutta; la scarsa profondità e le frequenti rapide ne permettono la navigazione unicamente a imbarcazioni molto leggere. Il fiume più lungo è lo Shinano, nell'isola di Honshu, con un corso di circa 370 km;sull'isola altri fiumi importanti sono il Tone, il Kitakami, il Tenryu e il Mogami.Tra i principali fiumi di Hokkaidō vi sono l'Ishikari, secondo fiume giapponese per estensione del bacino,oltre al Teshio e al Tokachi. Lo Yoshino è il maggiore fiume di Shikoku.Numerosi sono i laghi, alcuni di origine vulcanica, che spesso si formano nelle caldere dei vulcani spenti e altri formati da sbarramenti delle valli fluviali; in gran parte sono situati in montagna, dove spesso sono diventati luoghi di soggiorno estivi. Il principale è il lago Biwa, nell'isola di Honshu, che ha una superficie di 670 km² e una profondità di 104 m
