Il clima del Giappone è generalmente temperato ma varia a volte in modo sensibile da nord a sud. La temperatura media invernale è di 5,1 °C, mentre quella media estiva è di 25,2 °C.
La più alta temperatura misurata in Giappone è di 41 °C fatta registrare il 12 agosto 2013.
La stagione delle piogge incomincia nel mese di maggio a Okinawa. Fondamentalmente è possibile dividere l'arcipelago in sei distinte zone: Hokkaidō, situata all'estremo nord della regione, ha inverni rigidi ed estati fresche con clima prevalentemente montano.
Le precipitazioni sono normali, tranne in inverno in cui le isole vengono solitamente sepolte dalla neve. Mar del Giappone a ovest. In inverno vi sono forti nevicate causate dai venti che in estate espongono a brezze fresche la regione. In ogni caso le temperature possono raggiungere a volte picchi elevati (tipico delle regioni toccate dal Föhn).
Isola centrale; clima tipico delle parti più interne delle isole, con forti sbalzi di temperatura dall'estate all'inverno e dal giorno alla notte. Poche precipitazioni. Seto Naikai, in cui la zona marina tra Honshū, Shikoku e Kyūshū viene riparata dai monti Chūgoku e Shikoku dai venti caratterizzando l'area con un clima particolarmente mite durante tutto l'anno. Oceano Pacifico; la costa est in cui gli inverni sono rigidi con poche precipitazioni e estati calde e afose. Isole a sud ovest, la cui zona è caratterizzata da un clima subtropicale con inverni caldi e estati torride. Le precipitazioni sono abbondanti e sovente si abbattono tifoni.
