Fuyuzora Kogarashi tiene habilidades espirituales, y ha sido poseído por fantasmas desde que era un niño. Esto ha causado un montón de problemas en su vida, pero ahora que ha aprendido a luchar contra los malos espíritus! Por desgracia, él ahora es muy pobre, sin hogar, y la esperanza de una vida feliz, más normal y escuela secundaria. En su búsqueda de una vivienda, encuentra un casa de huéspedes muy barato llamado Yuragi-sou, que anteriormente era un lugar popular de aguas termales. Es tan barato el alquiler porque habita un espíritu de un estudiante de secundaria cuyo cadáver fue encontrado allí. Kogarashi no cree que esto va a ser un problema para él, ya que el resto de sus inquilinos son mujeres atractivas. Mientras se relaja en las aguas termales, encuentra un problema; El fantasma de Yuragi-sou es una niña de 16 años llamada Yuna, que vive en su habitación. Kogarashi no tiene ningún deseo de hacer daño a una chica fantasma, y en su lugar se termina de aceptar ayudarla.
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La historia está protagonizada por un joven cazador de fantasmas que conoce al fantasma de una chica en una terrorífica posada de aguas termales y acaban viviendo juntos.
