Quelques années après l'affaire du Londres du futur, le professeur Layton est de nouveau accompagné de son assistant Luke. Tous deux sont embarqués dans une folle histoire qui pourrait se trouver bien plus complexe qu'elle n'y parait...
C'est alors que les sœurs Delmorte disparurent dans épais brouillard. Luke et Emmy du passé disparurent également. Au même moment la police arriva et arrêta toutes les personnes inculpées. Un bruit sourd résonna, puis des secousses intervinrent. Paris subissait le même sort que Londres quelques temps avant. Des bombes explosèrent un peu partout. La police était donc débordée laissant Layton face au Monde du Diable. Il chercha donc dans la maison de Delmorte s'il y'avait des éléments lui permettant de découvrir où se cachaient les deux sœurs. Après avoir résolu une énigme étrange, il découvrit une mystérieuse lettre qui n'était pas sur le bureau quelques secondes auparavant.
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Mais... !
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Layton : Ça alors ! Cette énigme !
Layton se dirigea alors avec hâte devant la Tour Eiffel. Il y vit au loin Emmy habillée de son ensemble jaune.
Layton : Emmy ! Que fais-tu ici ?
Emmy : Mireille m'a laissée partir ! Puis j'ai reçu une lettre me demandant de venir ici !
Layton : Etrange, moi aussi... Sais-tu où elle est partie ?
Emmy : J'ai entendu dire que sous l'Opéra Garnier se trouve la machine à voyager dans le temps. Apparemment elle est terminée... Il faut absolument l'arrêter ! Ce ne sont pas des univers parallèles qui vont être créés mais des événements se produisant dans le passé ayant des répercussions dans notre présent !
Layton : Notre présent... Ahem, oui il faut absolument y aller !
Emmy trouva un scooter pourpre. Les deux complices sillonnèrent alors la ville lumière qui était à feu et à sang jusqu'à arriver devant le célèbre Opéra. Ils y entrèrent facilement étant-donné que toutes les forces de sécurité étaient déployées sur toute la capitale. Ils arrivèrent au sous-sol. Dans la salle où à l'époque les voitures des membres de la haute société déposées les bourgeois les jours de pluie. Ils y virent la machine infernale. Plus personne n'était là. Emmy s'empressa de consulter l'ordinateur intégré. Avec effroi, elle vit apparaître une date. La date qui est restée encrée dans sa mémoire. Le jour où le sanctuaire Aslante à était mis à jour.
