Фатьма-султан родилась в семье султана Мурада III и наложницы Сафие-султан[2]. 6 декабря 1593 года она вышла замуж за Халил-пашу, капудана-пашу. Свадьба состоялась в Старом дворце и праздновалась в течение семи дней[3]. Историк Мустафа Селаники описал волнение толпы, которая, как оказалось, наблюдала за тщательно продуманной процессией, которая несла Фатму Султан, которая была скрыта за ширмой красного атласа, во дворец своего нового мужа. Селаники написал, что на свадьбе Фатьмы-султан «раздались юбки с блестящими новыми монетами»[4]. По словам историка Ходжи Саад-эд-дина, её приданое составляло 300 000 дукатов[2].
В 1595 году Халил-паша не отправился вместе с флотом. В частности, потому что ни Сафие-султан, ни Фатма не хотели отпускать его из Стамбула. Их нежелание, вероятно, было связано с тем, что Фатьма была беременна. В октябре 1595 года она родила сына, что усилило привязанность нового султана Мехмеда III и Сафие-султан к Халил-паше[5].
После смерти Халил-паши в 1603 году, в декабре 1604 году, она вышла замуж за Хызыр-пашу[6]. Фатьма-султан похоронена в мавзолее её отца, расположенном в мечети Ая-Софья в Стамбуле[2].
