Después de que el equipo se separa por la muerte de zane, ocurre una tragedia, Lloyd "muere" en una misión, y los ninjas se sienten culpables. Unos meses después aparece un nuevo grupo de Ninjas, y uno en particular trajo la atención de los antiguos. Los antiguos y los nuevos deben unir fuerzas para destruir al señor oscuro que aún seguía con vida.