Bodźce, które odbiera koń z otoczenia są dla niego źródłem informacji i docerają do centralnego układu nerwowego za pośrednictwem nerwów obwodowych. Układ ośrodkowy składa się z mózgu i rdzenia kręgowego. Nazwa jego oznacza, że ma on centralne położenie w obrębie głowy i tułowiu jak i także pełni funkcję nadrzędną, co do pozostałych części tego układu. Mózg zwierzęcia pokrywa pancerz kostny – inaczej czaszka, i przez nerwy komunikuje się ze wszystkimi narządami. Przetworzone bodźce umożliwiają koniom percepcję otoczenia. Jak wiemy konie są bardzo pamiętliwe. Zapamiętywanie doświadczeń pozwala im się uczyć i kojarzyć przeżycia. Ale zapamiętajmy, koń nie potrafi przewidywać, co może się stać, jeżeli zrobi tak, a nie inaczej jak i również nie posiada wyobraźni. On ma wrodzony instynkt samozachowawczy i brak mu wyobrażenia o śmierci.
Wszystkie te powyższe czynniki sprawiają, że konie w panice nie wiedzą, co robią mogą się nawet zabić! Czasem się mówi, że koń w panice jest jak „zdesperowany samobójca" Przeżycie takich krytycznych chwil zależy od człowieka i jego szybkiej decyzji, którą podejmie, aby dosłownie uchronić zwierze przed samym sobą. Dla niektórych może lub nawet wydaje się to śmieszne, ale to jest niestety prawdą. Mózg przesyła impulsy do wszystkich organów za pomocą nerwów. Część z nich pochodzi z mózgu, a część z rdzenia kręgowego, który mieści się w środku kręgosłupa. Nerwy są rozgałęzione i dochodzą do wszystkich części ciała. Tworzą układ obwodowy układ nerwowy, na który składają się nerwy czaszkowe, rdzeniowe, autonomicznego układu nerwowego.
Układ obwodowy obejmuje nerwy czuciowe i ruchowe. Pierwsze przesyłają bodźce do mózgu, a drugie do mięśni. Lecz takie przewodnictwo może zostać zakłócone przez ucisk. Duży ucisk może całkowicie zablokować przewodzenie bodźców. Skutkiem może być brak czucia, degeneracja tkanek w bezpośrednim sąsiedztwie zakończeń tego nerwu.
Układ nerwowy wegetatywny reguluje czynności życiowe, czyli oddychanie, trawienie, itd. Steruje narządami wewnętrznymi i kieruje ich praca niezależnie od świadomych czynności zwierzęcia. Dzieli się na dwie części: układ współczulny i przywspółczulny. Układ współczulny odpowiedzialny jest przygotowanie organizmu do odpowiedniej reakcji na zaistniałe niebezpieczeństwo, lub spotkanie partnera płciowego: przyspiesza tętno, oddech, zwiększa ciśnienie krwi i ukrwienie mięśni. Ogólnie mówiąc układ współczulny przygotowuje organizm do ucieczki, walki.
Układ przywspółczulny czuwa nad funkcjami organizmu w czasie spoczynku, snu, trawienia, wydalania, czyli kiedy zachodzi potrzeba działania. Jego stymulacja powoduje odprężenie, zwolnienie oddychania i krążenia krwi, pobudzenie trawienia i wydalania.
