Après que Sonic et Tails aient libéré les Wisps du docteur Eggman, le savant a disparu et n'a plus donné signe de vie pour le bonheur des deux héros. Tout allait bien dans le meilleur des mondes pour nos amis et leurs proches, sauf peut-être pour Am...
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Cela fait maintenant trois ans que Sonic et Amy s'étaient mariés. Bien sûr le hérisson a continué de déjouer les plans d'Eggman comme toujours et a vécu d'autres aventures.
Il a d'abord été propulsé dans le passé avec ses amis par une mystérieuse créature modifiant le temps et l'espace, le jour de son vingtième anniversaire. Ses amis ayant été emportés dans des failles spatio-temporelles, le hérisson a rencontré sur son chemin des lieux et des personnages de son passé, dont lui-même et Tails en plus jeunes. Ils en vinrent à la conclusion que cette chose créait des failles dans l'espace en voyageant. Ces fissures rendaient différents lieux du passé ternes et sans vie. Seules les émeraudes du Chaos représentaient une menace pour le monstre. Il fallait aux deux Sonic courir plus vite que jamais pour empêcher tout de disparaître et trouver toutes les émeraudes.
Après avoir libéré tous leurs amis, ils ont découvert qui était derrière tout ça. Et la personne responsable, ou plutôt les personnes responsables étaient le docteur Eggman du passé et du futur. Après avoir été tous les deux capturés par le monstre, ils l'ont perfectionné et pensaient l'utiliser pour conquérir la planète et détruire les deux Sonic. Forcément ce plan a échoué une fois de plus après la défaite des deux savants par les Sonic en Super forme. Une fois la créature détruite, tous ont pu rentrer à leur époque et continuer l'anniversaire de Sonic, laissant le jeune Sonic et le jeune Tails rentrer chez eux.
Il y eut aussi le jour où Eggman découvrit l'existence des Effroyables Six : six créatures de terreur sans pitié détruisant tout sur leur passage. Il les plaça sous ses ordres pour une nouvelle tentative de conquête du monde. Mais le seul moyen de les empêcher de se retourner contre lui était d'utiliser une conque les gardant sous contrôle, de manière très douloureuse et surtout très rare. Sonic et Tails, s'étant lancés à sa poursuite pour sauver les animaux dont le savant se servait pour ses robots, ont découvert l'équipe de terreur qu'il avait réveillée. Le hérisson fit malheureusement l'erreur de se débarrasser de la conque, ce qui permit aux Zétis de se venger d'Eggman. Ces derniers se sont alors emparés d'une de ses machines élaborée pour recueillir de l'énergie de la planète, mais leur intérêt étant de la détruire et provoquer la perte du savant. Nos deux héros ont dû alors s'allier avec Eggman pour mettre les Zétis hors d'état de nuire et reprogrammer la machine.
Tails s'étant fait capturer par la bande en cours de route à la place de son ami, Sonic et Eggman durent se débrouiller seuls. Ils se retrouvèrent séparés après une attaque surprise de deux des Zétis, devenus plus puissants grâce à l'énergie recueillie par la machine. Sonic fut alors contraint de continuer seul.
Après plusieurs obstacles, il retrouva les Zétis mais aussi Tails, changé en robot. Heureusement le petit renard avait réussi à reprogrammer l'ordinateur chargé de le transformer. Il subit en effet des modifications au niveau de son corps, comme le voulait les Zétis, mais pas de sa mémoire, lui permettant de se retourner contre eux. Sonic réussit à se débarrasser des six terreurs et tous deux trouvèrent enfin la machine. Mais quelqu'un l'avait déjà arrêtée et ce quelqu'un était évidement Eggman. Le savant avait survécu grâce à son Jet-pack et terminé son robot, composé de l'énergie de la planète, pour conquérir le monde. Sonic réussit une fois de plus à le calmer tandis que Tails reprogramma la machine pour rendre l'énergie volée à la planète, au grand dam du savant. Vexé, il se jura de réduire une nouvelle fois les Zétis à l'esclavage avant de s'enfuir. Mais il fit une chute après que Sonic ait démonté le tuyau d'échappement de son Jet-pack. Une fois tout rétabli, les deux héros rentrèrent victorieux et continuèrent leur vie normalement en restant les meilleurs amis du monde. Sonic vivait toujours avec Amy et Sally et Zane ont récupéré son ancienne maison pour ne plus quitter leurs amis.
