Il 7 ottobre 1985 , mentre compiva una crociera nel Mediterraneo, al largo delle coste egiziane fu dirottata da un commando del Fronte per la Liberazione della Palestina (FLP). A bordo erano presenti 201 passeggeri e 344 uomini dell'equipaggio.
Dopo frenetiche trattative diplomatiche, si giunse in un primo momento a una felice conclusione della vicenda, grazie all'intercessione dell'Egitto, dell'OLP di Arafat (che in quel periodo aveva trasferito il quartier generale dal Libano a Tunisi a causa dell'invasione israeliana del Libano) e di Abu Abbas (uno dei due negoziatori proposti da Arafat, insieme a Hani el-Hassan, un consigliere dello stesso Arafat), che convinse i terroristi alla resa in cambio della promessa dell'immunità.
Due giorni dopo si scoprì, tuttavia, che a bordo era stato ucciso un cittadino statunitense, Leon Klinghoffer, ebreo e paraplegico: l'episodio provocò la reazione degli Stati Uniti.
Dopo aver lasciato Alessandria d'Egitto e aver effettuato uno scalo in Grecia, l'Achille Lauro si diresse verso Napoli , quando la CIA passò un'informazione, forse proveniente dai servizi segreti egiziani, relativa alla possibile presenza di esplosivo su alcune casse caricate ad Alessandria. Pur non potendo verificare la veridicità dell'informazione, il SISMI, in accordo con il comandante della nave Gerardo De Rosa, decise per precauzione di far gettare in mare alcune casse di cui non era stato possibile controllare il contenuto.
Nel 1990 il dirottamento fu raccontato in un film per la televisione, L'Achille Lauro - Viaggio nel terrore, con Burt Lancaster e Eva Marie Saint, per la regia di Alberto Negrin.
Nel 1991 alla vicenda si ispirò il compositore statunitense John Addam con l'opera La morte di Klinghoffer.
La nave era stata acquisita nel 1991 dalla Mediterranean Shopping Company S. A.(MSC). Il 30 novembre 1994, mentre era in navigazione al largo della Somalia durante una crociera tra Genova e il Sudafrica, scoppiò un incendio che due giorni più tardi, il 2 dicembre, ne causò l'affondamento.
Una dozzina di navi parteciparono ai soccorsi, tra le quali la fregata statunitense Halyburton e la petroliera Hawaiian King, che imbarcò la maggior parte dei naufraghi. I superstiti furono trasportati nei porti di Mombasa e Gibuti.
L'armatore aveva stipulato un contratto di recupero con la compagnia Murri International Salvage Freres di 5 miliardi di lire, ma nonostante i disperati tentativi di salvare il relitto in fiamme trainandolo in porto, la nave si voltò su un fianco poco dopo essere stata agganciata da un rimorchiatore e affondò rapidamente. Le Assicurazioni Generali dovettero risarcire i beni dei passeggeri con circa 28 miliardi di lire.Nell'evento ci furono tre vittime, un disperso e otto feriti; la commissione d'inchiesta istituita dal ministero dei trasporti concluse i suoi lavori evidenziando l'incendio colposo, ma sottolineando l'impossibilità di accertare le responsabilità dell'accaduto.
È stato escluso il recupero del relitto, per via della sua antieconomicità e per via del fatto che nel punto dell'affondamento, a 95 miglia dalla costa somala, in pieno Oceano Indiano, la profondità è di circa 5.000 m.
