Il gioco è una versione 3DS di Super Mario Bros U! La trama non è cambiata:Bowser rapisce Peach con l'aiuto di Bowser Jr. e dei Bowserotti. Tocca a Mario,Luigi e i Toad salvarla. La mappa è compoosta da 8 mondi,formata ognuna da 4 livelli,ciascuna delle quali presenta uno scenario diverso (Una pianura,una foresta,un deserto,un ghiacciaio,una spiaggia,un cimitero,una palude e il castello finale). Anche i nemici e i power-up non sono cambiati e ce ne sono anche di nuovi.
Vecchi strumenti
Fiore di Fuoco:Invece di diventargli la tuta di colore giallo e rosso,Mario stesso diventerà giallo e rosso e avrà il potere di sparare palle di fuoco dalle mani.
Fiore di Ghiaccio:Funziona come il Fiore di Fuoco,con la differenza che adesso può sparare palle di neve con le mani e congelare i nemici per un determinato periodo di tempo.
Bob-Omba:Una piccola bomba (Con tanto di miccia) che cammina per lo schermo e,dopo alcuni secondi,si ferma ed esplode.
Fungo Elica:Un piccolo fungo con delle piccole eliche in testa che permettono a Mario di trasformarsi in Mario Elica.
Super Fungo:Il classico fungo che appare in tutti i capitoli di Mario. Permette a Mario di diventare più grande e di resistere a più di un colpo (Dato che,se toccato,ritorna Mario Piccolo)
Megafungo:Permette a Mario di diventare enorme e di calpestare tutto ciò che trova. I nemici non possono danneggiarlo.
Minifungo:Permette a Mario di diventare piccolissimo e di entrare in piccoli tubi. Ciònonostante,diventa molto più vulnerabile. Infatti,essendo piccolino,basta un solo tocco di un nemico per perdere una vita.
Stella:Permette a Mario di diventare invincibile per un breve lasso di tempo.
Fungo 1-UP:Dona a Mario una vita.
Moneta:Se ne raccogli 100 ricevi una vita.
Guscio Verde:Una volta che un Koopa è stato sconfitto,esso si rintana nel suo guscio. A questo punto,Mario potrà calpestarlo oppure prenderlo e lanciarlo. Se vede una parete rimbalza e torna indietro,mentre se vede un dirupo ci cade dentro.
Guscio Rosso:Funziona come il Guscio Verde,solo che quando vede un dirupo torna indietro.
Fungo Velenoso:Fa diventare Mario invincibile per un breve lasso di tempo (Come se usasse la Stella) ma,una volta terminato l'effetto,Mario si rimpicciolisce (Come se avesse usato un Minifungo).
Provenienti da Mario Galaxy
Fungo Plano:Permette a Mario di trasformarsi in Mario Plano e di volare attraverso il livello. Dopo un minuto,l'effetto svanisce.
Fiore Nuvola:Permette a Mario di trasformarsi in Mario Nuvola e di creare delle nuvole (Non più di tre) per raggiungere aree normalmente inaccessibili.
Moneta Viola:Dopo aver finito il gioco,le Monete saranno sostituite dalle loro versioni Viola e non saranno più di 100! Inoltre,a differenza delle Monete,se le raccogli tutte,non ricevi nessuna vita.
Fungo Energia:Permette a Mario di diventare muscoloso e di atterrare con calci e pugni i nemici. Anche gli Schianti a Terra faranno effetto (Se atterra sopra un nemico)
Sfavillotto Babylume:Si incontra per la prima volta nel castello di Peach. Permette a Mario di effettuare Piroette.
Sfavillotto Arancione:Compare solo in modalità due giocatori. Sarà impersonato da Luigi. Infatti,mentre sullo schermo ci sarà Luigi,il cursore diventerà arancione e,toccando Luigi con la penna,riuscirà a sconfiggere i nemici con un salto. Inoltre,a differenza di Super Mario Bros. U,Luigi si dovrà controllare solo con la penna.