Après la fin des 4 saisons du dessin animé Code Lyoko, plusieurs questions restaient sans réponse :
- Qu'est-il arrivé à Anthéa, la maman d'Aelita enlevée sous ses yeux par des hommes en noir ?
- Quelle sombre organisation se cache derrière le mysté...
Pendant que leurs camarades dormaient, Jérémie a fait écouter à Aelita un étrange enregistrement audio découvert dans l'ordinateur de l'usine, contenant une conversation entre Franz et Anthéa au cours de laquelle ceux-ci ont mentionné Naxxya qui aurait en fait été créée dans un laboratoire du Black Phenix. Furieuse en apprenant que sa colocataire connaissait sa mère mais ne lui en avait jamais fait part, Aelita a aussitôt réveillé Naxxya pour qu'elle s'explique, et la géante a admis avoir été élevée par Anthéa dans les locaux de cette sombre organisation qui la retenait prisonnière, et que c'était sa « nourrice » elle-même qui lui avait demandé de ne jamais parler d'elle à Aelita, pour sa propre sécurité. Animée par une rage incontrôlable et ne semblant plus pouvoir être raisonnée, pas même par Jérémie, la jeune fille aux cheveux roses a ordonné à Naxxya de la conduire sur-le-champ au « Centre » pour y retrouver sa mère. Les trois adolescents se sont donc rendus en pleine nuit dans la base terrestre du Black Phenix où ils sont entrés sans difficulté, mais une fois à l'intérieur, des androïdes sont rapidement arrivés en grand nombre pour les capturer. Sans pouvoir repartir avec eux, Naxxya a semble-t-il aidé ses deux camarades à s'enfuir, mais ils seraient restés bloqués à la porte de l'enceinte extérieure si Aelita n'avait pas été submergée par les étranges pouvoirs qu'elle manifeste malgré elle, faisant griller tous les obstacles et les androïdes aux alentours. Restée au Centre, Naxxya a été conduite dans les profondeurs de ce bâtiment par l'individu qu'elle croyait avoir mortellement blessé l'année précédente : Derek Rourk, qui travaillait en fait pour le Black Phenix et qui a été chargé de la virtualiser dans le Next World pour qu'elle réintègre sa « véritable famille » composée d'une cinquantaine d'implacables combattantes virtuelles identiques à elle. De retour à l'usine au petit matin, Jérémie et Aelita ont expliqué la situation à leurs camarades, et en comprenant que Naxxya faisait partie du Black Phenix depuis le début et qu'elle livrerait donc tous les secrets des Lyoko-guerriers à ses véritables maîtres, nos héros ont estimé qu'ils ne pouvaient plus faire face au Black Phenix eux-mêmes et qu'il était temps d'alerter les autorités. C'est alors qu'un étrange individu est arrivé à l'usine : Howard Knight, le père de Samantha Knight, qui a déserté le Centre parce que Franz Hopper l'a envoyé récupérer le Xénoformeur caché sur Lyoko avant que Zander ne s'en empare, et la bande de Jérémie a donc accepté de l'aider dans cette mission. Mais à peine ont-ils posé le pied sur le territoire Banquise, qu'un portail généré depuis le Next World s'est ouvert dans le territoire Forêt, indiquant que les troupes virtuelles du Black Phenix arrivent...
En apparaissant sur Lyoko, Yumi, Ulrich, Aelita, Odd, William et Sissi sont surpris en découvrant l'entité virtuelle qui les attendait : une elfe dont l'apparence est quasiment identique à celle d'Aelita, hormis sa tenue d'un rose très pâle et sa courte chevelure blanche.
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– Alors c'est toi « Xilune » ? demande le grand ténébreux en dévisageant cette créature qu'Odd avait décrite comme un petit nuage blanc et qui s'était temporairement réfugiée dans le corps de William avant qu'un passage par le scanner les sépare pour qu'elle retourne sur Lyoko.
