Shinichi Kudo è riuscito in un'impresa che sembrava impossibile: recuperare il suo corpo adulto e disintegrare l'organizzazione a partire dai suoi vertici. Ormai è passato quasi un decennio dalla sconfitta degli uomini in nero. I "Detective Boys" sono cresciuti, ciascuno di loro frequenta il liceo, in scuole differenti. Dopo quanto è successo i genitori dei ragazzi, rifiutato il programma di protezione testimoni, hanno deciso di allontanarli. Ayumi, a 12 anni, è stata costretta a cambiare città. Nonostante abbiano finito la scuola elementare nello stesso istituto (in sezioni diverse) e nonostante l'infanzia e le esperienze condivise, i tre ragazzi si sono quasi dimenticati gli uni degli altri. Il ritorno di Ayumi a Tokyo, insieme alla sua nuova amica Mai, sarà solo l'inizio di un riavvicinamento dei tre "ex detective" diciassettenni. Ma saranno i due posti vacanti per i titoli di "Detective del Nord" e "Detective del Sud" a giocare un ruolo fondamentale nell'intrecciare, ancora una volta, le vite di quei tre ragazzini.