La historia se centra en Yuki , una exorcista.En medio del siglo XIX. Yuki es miembro de la Orden negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual esta ligada al Vaticano. La misión de la Orden Negra es detener a su terrible enemigo, El Conde del Milenio, una malvada entidad demoniaca que pretende destruir a la humanidad haciendo uso de sus armas llamadas akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada del pasado. Se dice que existen 109 fragmentos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-akuma. Esta es una lucha entre los exorcistas contra el Conde del Milenio y sus aliados Noé por conseguir la inocencia. Y solo depende de los exorcistas defender el destino de la humanidad.
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