Les secrets d'Égypte, nommé plusieurs fois premiers dans la catégorie Yugioh!
Qu'est-ce que l'avenir, si ce n'est une répétition du passé ? Pessimiste, peut-être. Mais c'est ce que vont découvrir deux sœurs jumelles, unies et pourtant si différente...
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Yûgi Muto, un jeune lycéen timide et expert en jeux. Un jour, il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler. À cet instant est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, qui viendra habiter le corps de Yûgi. C'est un être sûr de lui et ne reculant devant rien. Cependant, peu de gens sont au courant de la vérité. Le pharaon est spécialiste de tous les types de jeu. Il est d'ailleurs le maître du jeu des ténèbres. Mais pour une raison inconnue, il ne se souvient pas de son passé ni de qui il est exactement. Et voilà qu'il se lance dans la quête de ses souvenirs perdus.
Tout commence lors que Maximilien Pegasus, créateur du jeu « duel de monstre », kidnappe le grand-père de Yugi pour le forcer à participer à son tournoi. Yugi et ses amis embarquent au port pour se rendre sur l'île personnelle de Pegasus. Celui-ci possède aussi un objet du millénium : l'œil. Pegasus et les hauts dirigeants de KaibaCorp complotent pour éliminer Seto Kaiba. Finalement Yugi apprend à connaître l'esprit enfermé dans son puzzle et ensemble sauve le grand-père du jeune homme, ainsi que Seto, Makuba. Bakura, l'un des amis de Yugi, est lui aussi en possession d'un objet du millénium : un anneau, qui contient un esprit belliqueux, avec des désirs mystérieux. Duke Devlin affronte Yugi dans une partie de Dungeon Dice Monsters pour venger la défaite de Pegasus.
L'esprit du Puzzle, appelé Yami, par Yugi, décide de se lancer dans la découverte de ces souvenirs, Shizu Isthar, une responsable du musée de Domino, le lance sur une piste. En effet, Kaiba organise un tournoi afin de mettre la main sur les trois légendaires cartes Dieu. Yugi se lance dans ce tournoi afin de faire face à Marik Ishtar, qui menace ses amis, et souhaite se venger de Yami, le pharaon sans nom. Marik est un gardien du tombeau du pharaon, et porte aussi un objet du millénium : La baguette. L'histoire des deux sœurs commence au début de ce tournoi de cartes, auquel Miya décide de prendre part et de gagner.
